结论：付加工费按百万分之二收现金是否合法，不能一概而论，需结合具体情境判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 合法情形：如果双方在货物买卖合同或加工承揽合同中明确约定了加工费的支付方式为按百万分之二的比例以现金形式支付，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么这种支付方式就是合法的。合同是双方意思自治的体现，只要不违反法律强制性规定，双方均有权自由约定合同内容。
   • 不合法情形：若合同中并未明确约定此种支付方式，或者约定违反了法律、行政法规的强制性规定（例如，涉及洗钱、逃税等违法行为），则该支付方式不合法。

2. 税收与财务角度：

   • 现金交易限制：根据相关税收和财务法规，大额现金交易可能受到限制或需要特别申报。如果加工费金额较大，按百万分之二的比例以现金支付可能涉及大额现金交易，需要遵守相关税收和财务规定，否则可能构成违法。
   • 税务合规性：无论支付方式如何，加工费的支付都应确保税务合规，即按照税法规定申报并缴纳相关税费。如果以现金支付加工费而未进行税务申报或缴纳税费，则构成偷税漏税行为，是违法的。

3. 实际操作与风险角度：

   • 操作便利性：现金支付虽然直观，但在大额交易中可能存在安全风险，如丢失、被盗等。此外，现金交易也难以留下明确的交易记录，不利于双方后续的财务核对和纠纷解决。
   • 风险防控：为了避免潜在的法律风险和财务纠纷，建议双方在合同中明确约定加工费的支付方式、支付时间、支付金额等关键条款，并尽量采用银行转账等电子支付方式，以便留下明确的交易记录。

建议：

• 在签订货物买卖合同或加工承揽合同时，双方应明确约定加工费的支付方式、支付时间、支付金额等关键条款，并确保这些条款不违反法律、行政法规的强制性规定。
• 如果涉及大额加工费支付，建议采用银行转账等电子支付方式，以确保交易的安全性和可追溯性。
• 无论采用何种支付方式，都应确保税务合规，按照税法规定申报并缴纳相关税费。

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