结论：军工企业合并后，原保卫处劳动关系主体发生变化，并不意味着可以直接将员工合同转为固定期限。这一转变需要遵循相关法律法规，并考虑员工的意愿和合同的具体情况。

分析：

1. 劳动关系主体的变更：

   • 当军工企业合并时，原企业的劳动关系主体可能会发生变化，新的企业或合并后的企业将成为新的劳动关系主体。
   • 这种变更并不自动导致员工劳动合同的变更或终止，而是需要依据相关法律法规和劳动合同的约定进行处理。

2. 劳动合同的变更：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更需要双方协商一致，并采用书面形式。
   • 如果新的劳动关系主体希望将原无固定期限劳动合同转为固定期限劳动合同，必须与员工进行协商，并达成一致意见。
   • 员工有权拒绝这种变更，如果员工不同意，新的劳动关系主体不能单方面改变劳动合同的期限。

3. 员工权益的保护：

   • 在劳动合同变更过程中，应充分保护员工的合法权益，确保员工的工资、福利、工作条件等不受不合理影响。
   • 如果新的劳动关系主体未经员工同意擅自变更劳动合同期限，员工有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。

4. 实际操作建议：

   • 对于新的劳动关系主体来说，应提前与员工进行沟通，解释合并后的情况和劳动合同变更的必要性。
   • 在协商过程中，应尊重员工的意愿和选择，提供合理的变更方案，并确保变更后的劳动合同条款公平、合理。
   • 如果员工同意变更劳动合同期限，应签订书面变更协议，并明确变更后的合同期限、工资、福利等条款。

可能后果：

• 如果新的劳动关系主体未经员工同意擅自变更劳动合同期限，可能面临劳动争议仲裁或诉讼的风险，需要承担相应的法律责任。
• 员工如果因为劳动合同变更而遭受损失，有权要求新的劳动关系主体进行赔偿。

建议：

• 在处理军工企业合并后原保卫处劳动关系主体变更和员工合同期限问题时，应严格遵守相关法律法规，确保变更过程的合法性和合规性。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。