军工企业合并后，原企业员工的合同变更流程主要遵循《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，并结合军工企业的特殊性进行操作。以下是一个详细的合同变更流程说明：

1. 合并通知与员工告知：

   • 军工企业在合并前，应依法向员工发出合并通知，明确合并的原因、时间、方式及对员工权益的影响。
   • 通知中应包含合同变更的相关说明，如合同主体变更、工作内容调整、工作地点变动等可能涉及的内容，确保员工充分了解合并对劳动合同的影响。

2. 协商与同意：

   • 根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。因此，军工企业合并后，应与原企业员工就合同变更进行协商。
   • 协商过程中，企业应充分听取员工的意见，对员工提出的合理诉求给予积极回应，并尽量达成共识。
   • 若员工同意合同变更，双方应签订书面变更协议，明确变更后的合同条款。

3. 合同变更协议的内容：

   • 变更协议应包含原合同的基本信息，如合同编号、签订日期、双方名称等。
   • 明确变更的内容，如合同主体由原企业变更为合并后的新企业、工作岗位调整、薪资待遇变化等。
   • 变更协议应注明变更的生效日期，以及双方对变更内容的确认和同意。

4. 特殊情况的考虑：

   • 军工企业特殊性：由于军工企业的特殊性，合并可能涉及国家安全、保密等敏感问题。在合同变更过程中，企业应确保员工遵守相关保密规定，并可能需要对员工进行额外的安全审查或培训。
   • 员工权益保护：在合并过程中，企业应确保员工的合法权益不受侵害，如工资、福利、社会保险等应按时足额支付。若因合并导致员工工作岗位调整或工作地点变动，企业应提供必要的协助和支持。

5. 变更后的合同执行与监督：

   • 变更协议签订后，双方应严格按照变更后的合同条款执行。
   • 企业应建立健全的合同管理制度，对变更后的合同进行归档管理，并定期对合同执行情况进行监督和检查。
   • 若员工对变更后的合同有异议或发现企业存在违约行为，应及时向企业提出并寻求解决方案。

6. 法律后果与争议解决：

   • 若双方未能就合同变更达成一致，或变更后合同执行过程中发生争议，双方应首先通过协商解决。
   • 协商不成的，可以向劳动争议调解委员会申请调解，或依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

在处理军工企业合并后原企业员工合同变更问题时，企业应特别注意以下几点：

• 合法合规性：确保合同变更过程符合《劳动合同法》等相关法律法规的规定，避免违法操作带来的法律风险。
• 员工沟通与参与：加强与员工的沟通，确保员工充分了解合并对劳动合同的影响，并积极参与合同变更过程。
• 权益保护与平衡：在保护员工合法权益的同时，也要考虑企业的实际经营需要和发展利益，实现双方利益的平衡。

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