当公司发现员工存在贪污行为时，这是一个严肃且需要依法依规处理的问题。以下是一套全面、系统的处理流程，旨在维护公司的合法权益并预防类似事件再次发生：

一、初步核实与深入调查

1. 立即初步核实：公司一旦发现员工可能存在贪污行为，应迅速进行初步核实，确认贪污行为是否真实存在，以及涉及的具体金额和情节。

2. 启动全面调查：若初步核实表明存在贪污行为，公司应立即成立专项调查组，由人力资源部门牵头，联合法务、财务等相关部门，确保调查的公正性和专业性。调查过程中，应搜集各种关键证据，包括但不限于财务报告、交易凭据、监控录像、内部沟通记录等，并询问与该员工工作密切关联的同事，了解相关情况。

二、与员工沟通与确认

1. 安排面谈：在掌握足够证据后，公司应安排与员工进行面谈，了解其行为动机和具体情况。面谈时应保持冷静和专业，避免情绪化交流。

2. 听取解释：给予员工充分的机会陈述自己的观点和理由，但需注意其解释是否合理且与事实相符。

3. 确认违纪事实：根据调查结果和员工陈述，公司应确认员工的违纪事实和严重程度。

三、依据情节与制度处理

1. 未构成犯罪的情况：

   • 责令退还：若贪污行为尚未达到刑事标准，公司应要求员工全额退回违法所得。
   • 扣除工资或奖金：根据情节轻重，公司可以扣除相关人员当月工资或奖金的一部分以弥补经济损失，但扣除金额需符合劳动法规定。
   • 纪律处罚：对于严重违反企业内部规章制度的行为，公司有权依据规章制度进行纪律处分，包括警告、罚款、解除劳动合同等。处罚决定应以书面形式通知员工，并告知其违规事实、处罚依据和结果。

2. 构成犯罪的情况：

   • 报警处理：若员工贪污数额较大或情节严重，构成刑事犯罪，公司应立即向公安机关报案，并提交前期收集的证据材料。
   • 配合调查：在报警后，公司应积极配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和信息。
   • 追究刑事责任：根据相关法律法规，员工可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑事处罚。

四、法律途径追讨损失与完善制度

1. 民事诉讼：除了刑事责任外，公司还可以通过民事诉讼追究员工因贪污行为给公司造成的经济损失的民事赔偿责任。

2. 追回损失：通过法律手段尽可能追回因员工贪污行为给公司造成的损失。

3. 完善制度与预防机制：针对此次事件暴露出的管理漏洞和风险点，公司应完善财务管理制度和内部控制体系，加强审计和监督力度，防止类似事件再次发生。同时，建立举报机制，鼓励员工举报贪污行为，并确保举报渠道的畅通和保密性。

五、人文关怀与团队建设

1. 关注员工心理：在处理过程中，公司应关注涉事员工的心理状态，提供必要的心理辅导和支持。

2. 加强团队教育：组织全体员工开展廉洁从业教育和职业道德培训，提高员工的法律意识和道德水平。

3. 营造良好氛围：通过企业文化建设活动增强团队凝聚力和向心力，营造风清气正的工作环境。

综上所述，公司在处理员工贪污问题时，应综合考虑法律法规、公司内部规章制度以及实际情况，确保处理过程的公正性和合法性。同时，加强内部管理和监督机制是预防此类事件再次发生的关键所在。