结论前置：支付加班费并不意味着用人单位的所有加班行为都合法，是否违法需结合加班时长、是否协商一致以及是否存在特殊情形等因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
加班时长与协商程序
加班时长限制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊原因下延长工作时间每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。
- 若加班时长超出上述限制，即使支付了加班费，也构成违法，因为违反了法律对加班时长的明确规定。
协商程序要求：
- 加班需经与工会和劳动者协商的程序限制，这是法律赋予劳动者的协商决定权。
- 若公司未经协商单方面强制加班，即使支付加班费，也违反了协商程序，构成违法。
特殊情形下的加班
紧急处理与抢修任务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十二条，发生自然灾害、事故等威胁劳动者生命健康和财产安全的情况，需要紧急处理的，或生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的，延长工作时间不受第四十一条规定的限制。
- 在这些特殊情形下，即使加班时长超出限制或未经协商，公司安排加班并支付加班费，通常不构成违法。
其他法定情形：
- 法律、行政法规规定的其他特殊情形，也可能不受加班时间限制。
加班费的支付标准
法定支付标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，安排劳动者延长工作时间的，需支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 若公司未按照上述标准支付加班费，即使加班时长和协商程序合法，也构成违法，因为违反了法律对加班费支付标准的明确规定。
合同约定与合规性：
- 如果公司在员工手册、劳动合同或其他相关文件中明确规定了加班的相关事宜，如加班时间、加班费计算方式等，并且这些规定不违反法律法规的强制性规定，同时员工也知晓并同意这些规定，那么公司按照约定安排加班并支付加班费，通常不被视为违法行为。
- 但需注意，合同约定不能违反法律的强制性规定，否则约定无效。
劳动者维权途径
若公司存在违法加班或未按规定支付加班费的情况，劳动者可以通过以下途径维护自己的合法权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，明确要求按照法律规定支付加班费或调整加班安排。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门将进行调查，若发现违法行为，会责令公司限期支付加班费，并可能加付赔偿金。
- 申请劳动仲裁：若投诉未能解决问题，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付加班费及经济补偿。申请仲裁的时效期间为一年，自当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 提起诉讼：若对仲裁结果不满意，劳动者可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
总结与建议：支付加班费并不等同于加班行为完全合法，是否违法需结合加班时长、协商程序、特殊情形以及加班费支付标准等因素综合判断。作为劳动者，应了解自己的权益，并在必要时采取相应措施保护自己的合法权益。若你遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。