结论：公司员工薪酬制度明确规定加班费按基本工资算这一做法通常是不合法的，员工可以采取多种措施维护自身权益。以下从不同角度为你详细分析：
- 从法律规定角度
- 根据我国《劳动法》第四十四条规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 同时，原劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十五条明确，劳动法中的“工资”是指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、延长工作时间的工资报酬以及特殊情况下支付的工资等。这里的工资是包含奖金、津贴等在内的全部劳动报酬，并非仅指基本工资。所以公司规定加班费按基本工资算，违反了上述法律规定。
- 从员工维权角度
- 与公司协商：员工可以先与公司的人力资源部门或相关负责人进行友好协商，明确指出公司薪酬制度中关于加班费计算方式不符合法律规定，要求公司按照法律规定的标准重新计算并支付加班费。在协商过程中，要注意保留好相关的沟通记录，如邮件、聊天记录等，以备后续需要。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的劳动用工情况进行监督检查，对于违反劳动法律法规的行为，会责令用人单位限期改正。员工在投诉时，需要提供相关的证据，如劳动合同、工资条、加班记录等，以证明公司存在未按照法律规定支付加班费的情况。
- 申请劳动仲裁：员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的一种重要方式，具有专业性和权威性。在申请劳动仲裁时，员工需要提交仲裁申请书、相关证据材料等。仲裁委员会会根据双方提供的证据和陈述，作出公正的裁决。如果员工对仲裁裁决不服，还可以在规定的时间内向人民法院提起诉讼。
- 从公司角度
- 公司应当及时审查并修改薪酬制度中关于加班费计算方式的规定，确保其符合法律法规的要求。这不仅可以避免因违法而面临的法律风险，如被劳动监察部门处罚、被员工申请劳动仲裁或提起诉讼等，还可以提高员工对公司的满意度和忠诚度，有利于公司的长期稳定发展。
- 公司还可以加强对员工的法律培训，让员工了解自己的合法权益和公司的相关制度，减少因信息不对称而产生的纠纷。同时，建立健全的加班管理制度，明确加班的审批流程、加班费的计算标准等，确保加班管理的规范化和透明化。