当员工申请工伤但单位不认可时，这确实是一个比较棘手的问题，但您完全可以通过一系列法律途径来维护自己的合法权益。以下是我为您整理的详细步骤和建议：
一、首要步骤：申请工伤认定
申请时间：您或您的近亲属应在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区的社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果单位在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起30日内没有为您申请，那么您就有权自行申请。
准备材料：在申请时，您需要准备工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系的证明材料（如劳动合同、工资发放记录、工作证等）、医疗机构出具的受伤后诊断证明书或职业病诊断证明书等。这些材料是证明您工伤情况的关键证据，务必准备齐全。
提交与受理：将准备好的材料提交给当地的人力资源和社会保障局，社会保险行政部门将受理并对您的申请进行调查核实。
二、调查核实与举证责任
在调查核实过程中，社会保险行政部门可能会要求您补充材料。同时，如果单位不认为是工伤，那么根据《工伤保险条例》，单位需要承担举证责任，即在收到通知后15日内提交有关证据材料。如果单位拒不举证，社会保险行政部门可以根据您提供的现有证据依法作出工伤认定决定。
三、等待工伤认定决定
社会保险行政部门将在受理工伤认定申请之日起60日内作出决定，并出具《认定工伤决定书》或《不予认定工伤决定书》。对于事实清楚、权利义务明确的申请，可能在15日内作出决定。您需要耐心等待这个结果。
四、对工伤认定结果的处理
如果认定为工伤：那么您将依法享受相应的工伤保险待遇。如果单位为您缴纳了工伤保险，大部分待遇将由工伤保险基金支付；如果未缴纳，则由单位按照工伤保险待遇项目和标准支付费用。如果单位不履行支付义务，您可以通过劳动争议仲裁或诉讼等法律途径来维权。
如果未认定为工伤：您或单位都可以在收到决定书之日起60日内向上一级行政机关或同级人民政府申请行政复议，或者在收到决定书之日起6个月内向人民法院提起行政诉讼。
五、其他维权途径
除了上述途径外，您还可以考虑以下方式：
与单位协商与调解：在申请工伤认定前或过程中，您可以尝试与单位进行沟通协商，说明工伤认定的法律法规和您的实际情况，要求单位重新考虑并配合工伤认定。如果协商不成，还可以向企业劳动争议调解委员会或基层人民调解组织申请调解。
向劳动监察部门投诉：如果单位存在违法行为或不当行为，您可以向劳动监察部门投诉，要求其进行监督检查并责令改正。
寻求法律援助：在争议无法解决时，您可以寻求专业律师的帮助，了解自己的权利和义务，并决定是否提起行政诉讼或劳动仲裁。
六、注意事项
在整个过程中，您需要注意以下几点：
收集证据：积极收集与工伤有关的证据，如事故现场的照片、视频、医疗记录、证人证言等，以确保自己的权益得到保障。
注意时效：严格遵守各项时效规定，如申请工伤认定的时间、申请行政复议或提起行政诉讼的时间等，以免因超过时效而丧失维权机会。
保持冷静：面对单位的否认和可能的法律纠纷，保持冷静和理性是非常重要的。不要采取过激行为或言语攻击单位或相关人员，以免加剧矛盾或影响自己的维权效果。
总之，当单位不认可工伤时，您应依法申请工伤认定，并积极准备证据材料。在获得工伤认定后，如单位仍不履行支付义务或存在其他违法行为，您可以通过多种法律途径来维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。