在开标后，如果只有两家供应商合格，是否可以继续评标，这主要取决于具体的采购项目和采购方式。以下是一些详细的分析和解释：
一、一般原则
原则上，政府采购项目需要满足有效标三家以上才能继续开评标。这是为了确保采购活动的竞争性和公正性，避免因为供应商数量不足而导致的采购风险。
二、特殊情况
然而，也存在一些特殊情况，即使只有两家供应商合格，也可以继续评标。这些特殊情况主要包括：
公开招标转为竞争性谈判：
- 根据《政府采购非招标采购方式管理办法》的相关规定，公开招标的货物、服务采购项目，在招标过程中提交投标文件或者经评审实质性响应招标文件要求的供应商只有两家时，采购人、采购代理机构在报经本级财政部门批准后，可以与这两家供应商进行竞争性谈判采购。
市场竞争不充分的科研项目及需要扶持的科技成果转化项目：
- 这类项目在采购过程中，如果符合要求的供应商或报价未超过采购预算的供应商不足三家，也可以继续采购活动。
政府购买服务项目（含政府和社会资本合作项目）：
- 在竞争性磋商过程中，如果符合要求的供应商（社会资本）只有两家，采购活动可以继续进行。
采用发布公告方式邀请供应商，且连续两次均只有两家供应商响应：
- 这种情况下，虽然存在法律风险，但某些地区或项目可能会参照相关规定，与这两家供应商进行竞争性谈判采购。不过，这一做法并非普遍适用，且需谨慎对待。
框架协议采购的多频次、小额度政府采购项目：
- 在确定第一阶段入围供应商时，提交响应文件和符合资格条件、实质性要求的供应商应当均不少于两家。
三、建议
- 了解具体规定：在遇到只有两家供应商合格的情况时，首先应查阅相关的法律法规和采购文件，了解是否属于上述特殊情况之一。
- 咨询专业人士：如果不确定是否可以继续评标，建议咨询专业的采购代理机构或法律人士，以获取准确的指导和建议。
- 遵循程序要求：如果决定继续评标，应严格按照相关法律法规和采购文件的要求进行操作，确保采购活动的合法性和公正性。
综上所述，开标后只有两家合格供应商是否可以继续评标，取决于具体的采购项目和采购方式。在特殊情况下，即使只有两家供应商合格，也可以继续评标，但需遵循相关的法律法规和程序要求。