针对您提出的“公路上自己开厂内机动车收费应由什么部门处理”的问题，这实际上涉及到擅自在公路上设卡、收费的违法行为。根据《中华人民共和国公路法》的相关规定，我来为您详细解答：

一、违法行为认定

擅自在公路上设卡、收费，无论是以何种名义或方式，均属于违法行为。这种行为不仅扰乱了正常的交通秩序，还损害了公路使用者的合法权益。

二、处理部门

对于此类违法行为，由交通主管部门负责处理。具体来说，可能是您所在地区的交通运输局或相关公路管理机构。这些部门具有对公路进行管理和监督的职责，有权对违法行为进行调查、处罚和纠正。

三、处理流程

1. 调查责任：交通主管部门在接到举报或发现违法行为后，会指派专人进行调查。调查过程中，执法人员会出示执法证件，全面、客观、公正地收集证据。

2. 立案责任：经过初步调查，如果确认存在违法行为，交通主管部门会决定是否立案，并进一步深入调查。

3. 审查责任：对违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面进行审查，提出处理意见。

4. 告知责任：在作出行政处罚决定前，交通主管部门会制作相关法律文书，书面告知当事人违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。

5. 决定责任：根据审理情况，交通主管部门会决定是否予以行政处罚，并制作《行政处罚决定书》，载明违法事实和证据、处罚依据和内容等。

6. 送达与执行责任：交通主管部门会在规定期限内将相关法律文书送达当事人，并监督当事人在决定的期限内履行生效的处罚决定。

四、法律依据与处罚

根据《中华人民共和国公路法》第七十四条的规定，擅自在公路上设卡、收费的，由交通主管部门责令停止违法行为，没收违法所得，可以处违法所得三倍以下的罚款；没有违法所得的，可以处二万元以下的罚款。同时，对负有直接责任的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分。

五、建议

如果您发现有人擅自在公路上设卡、收费，建议您及时向当地的交通主管部门或相关公路管理机构举报。同时，也请您在行驶过程中遵守交通法规，不要参与或支持任何违法行为。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。