结论：公司用个人应发工资去交公司应缴的医社保部分费用，这种做法不合法。以下从不同角度进行分析：

从法律规定角度

根据我国相关法律法规，用人单位和劳动者都有各自明确的医社保缴费义务。用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费、基本医疗保险费等社会保险费用，这部分费用应由公司自行承担，计入公司的运营成本。而劳动者个人也需要按照规定比例缴纳个人应承担的部分，这部分费用从劳动者个人工资中扣除。公司用个人应发工资去缴纳本应由公司承担的医社保费用，实际上是改变了费用的承担主体，违反了法律规定。例如《中华人民共和国社会保险法》中明确规定了用人单位和职工在社会保险缴费方面的责任和义务，这种行为破坏了法定的缴费秩序。

从劳动合同角度

劳动合同是明确用人单位和劳动者权利义务的重要依据。在劳动合同中，通常会约定劳动者的工资构成、发放方式以及社会保险的缴纳情况等内容。如果公司未经劳动者同意，擅自用个人应发工资去缴纳公司应缴的医社保费用，属于单方面变更劳动合同约定的行为。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，变更劳动合同应当采用书面形式。公司这种擅自变更的行为，侵犯了劳动者的合法权益，劳动者有权要求公司按照原劳动合同约定履行义务。

从劳动者权益保护角度

这种做法直接损害了劳动者的经济利益。劳动者应发的工资是其劳动所得，公司用这部分工资去缴纳公司应缴的费用，相当于减少了劳动者实际到手的收入。而且，这种行为可能会影响劳动者在其他方面的权益，例如在计算经济补偿金、加班费等时，都是以劳动者的实际工资为基数，公司这种操作可能导致这些费用的计算基数不准确，从而进一步损害劳动者的权益。劳动者有权要求公司停止这种违法行为，并补发被扣除的相应工资。

如果公司存在这种违法行为，劳动者可以先与公司进行协商，要求公司改正并补发工资；如果协商不成，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门对公司进行查处；也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动法律方面的问题，可以直接向我咨询。