结论：公司无权因员工职务侵占3万元而不发其每月5000元的工资。

分析说明：

1. 工资与职务侵占的独立性：

   • 工资是员工因提供劳动而应得的报酬，属于劳动报酬范畴，受到《劳动法》和《劳动合同法》的保护。
   • 职务侵占是员工利用职务上的便利，将公司财物非法占为己有的行为，属于违法行为，可能受到《刑法》的制裁。
   • 工资的发放与职务侵占行为是两个独立的法律关系，公司不能因员工职务侵占而拒绝支付其应得的工资。

2. 公司应对职务侵占的合法途径：

   • 如果公司发现员工有职务侵占行为，应当通过合法途径进行维权，如向公安机关报案，要求追究员工的刑事责任。
   • 同时，公司也可以依据内部规章制度或劳动合同中的相关条款，对员工进行纪律处分或解除劳动合同。
   • 但这些措施都不能成为公司拒绝支付员工工资的理由。

3. 工资支付的法律规定：

   • 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
   • 如果公司无正当理由拒绝支付工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能产生的经济补偿。

法律建议：

• 对于公司而言，如果发现员工有职务侵占行为，应当立即采取措施进行调查，并收集相关证据。同时，应当及时向公安机关报案，并咨询专业律师的意见，以便合法、有效地维护公司的权益。
• 对于员工而言，如果公司因职务侵占行为而拒绝支付工资，员工应当了解自己的权益，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。同时，员工也应当认识到职务侵占行为的严重性，并承担相应的法律责任。

可能后果：

• 如果公司拒绝支付工资，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付工资、加付赔偿金等。
• 如果员工因职务侵占行为被追究刑事责任，将可能面临有期徒刑、拘役或罚金等刑罚。同时，员工的职务侵占行为也可能成为公司解除劳动合同的合法理由。