结论前置：协议补偿金不包含个人部分，单位一般不能随意扣除，但具体还需根据协议内容、扣除原因及相关法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、协议补偿金的性质与约定
协议补偿金通常是双方基于某种协议（如劳动合同解除协议、工伤赔偿协议等）而约定的，用于补偿一方因特定原因（如解除劳动关系、工伤等）所遭受的损失或应得的权益。如果协议中明确约定了补偿金的具体数额、支付方式及不包含个人应承担的部分（如社保个人缴纳部分、个人所得税等），那么单位应当按照协议约定履行，不得随意扣除。
二、单位扣除的合法性分析
协议有明确约定：
- 若协议中明确排除了单位扣除个人部分的可能性，单位擅自扣除则构成违约，劳动者有权要求单位按照协议约定支付全额补偿金，并可能要求单位承担违约责任。
协议无明确约定或约定模糊：
- 在这种情况下，需要考察扣除行为是否符合相关法律法规的规定。例如，如果扣除的是社保个人缴纳部分，且该部分确实应由劳动者个人承担，但单位在协议中未明确说明且未在工资中代扣代缴，那么单位在支付补偿金时扣除可能是合理的，但需确保扣除的合法性和合理性，并提前告知劳动者。
- 如果扣除的是其他非法定应由劳动者承担的费用，如单位的管理费、罚款等，则单位无权扣除，劳动者有权拒绝并要求单位支付全额补偿金。
扣除行为是否经过劳动者同意：
- 即使协议中未明确约定，如果单位在扣除前与劳动者进行了充分沟通并取得了劳动者的明确同意，那么扣除行为可能是合法的。但单位需确保沟通记录的完整性和可证明性，以避免后续纠纷。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 劳动者在签订协议时，应仔细阅读协议条款，特别是关于补偿金支付方式、数额及是否包含个人部分的约定，确保自己的权益得到充分保障。
- 如遇单位擅自扣除补偿金的情况，劳动者应首先与单位进行沟通协商，要求单位按照协议约定支付全额补偿金。
- 若沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果单位擅自扣除补偿金且无法提供合法依据，可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁机构的裁决，要求单位支付全额补偿金及可能的违约金或赔偿金。
- 劳动者也可能因此解除与单位的劳动关系，并要求单位支付经济补偿金等额外费用。
综上所述，协议补偿金不包含个人部分时，单位一般不能随意扣除。但具体还需根据协议内容、扣除原因及相关法律规定来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。