结论：您因一次无法打卡但实际上班被扣全勤奖的情况，是否可以申请劳动仲裁取决于单位规章制度是否合法合理以及是否实际损害了您的权益。以下从不同角度为您详细分析：
一、单位规章制度的角度
规章制度合法性：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果单位的全勤奖扣罚制度未经上述民主程序制定，或者内容违反法律、行政法规及政策规定，那么该制度可能被视为无效，您有权对此提出异议。
规章制度合理性：
- 即便单位的全勤奖扣罚制度经过了民主程序制定，也需要考虑其合理性。如果扣罚全勤奖的幅度过大，或者与您的实际工作表现、出勤情况等不成比例，那么该制度可能被视为不合理，您同样有权对此提出异议。
二、实际损害的角度
实际出勤情况：
- 您提到自己实际上班了但无法打卡，如果能够提供证据证明这一点（如同事证言、工作记录等），那么单位扣罚全勤奖的行为可能缺乏事实依据。
损害后果：
- 如果单位扣罚全勤奖的行为确实给您造成了经济损失，且该损失与单位的规章制度直接相关，那么您有权要求单位予以赔偿或恢复原状。
三、劳动仲裁的可行性
申请条件：
- 根据《劳动争议调解仲裁法》第二条，因确认劳动关系发生的争议、因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议、因除名、辞退和辞职、离职发生的争议、因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议等，都属于劳动争议仲裁委员会的受理范围。
- 您的情况属于因劳动报酬（全勤奖）发生的争议，因此符合劳动仲裁的申请条件。
申请流程：
- 您需要准备相关证据材料（如劳动合同、工资单、打卡记录、同事证言等），向单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书及副本。
- 仲裁委员会在收到申请后，会进行审查并决定是否受理。如果受理，会安排开庭审理并作出裁决。
四、建议与提醒
与单位协商：
- 在申请劳动仲裁前，建议您先与单位进行协商，尝试通过沟通解决问题。如果单位能够认识到其规章制度的不合理之处并愿意改正，那么这将是最快捷、最经济的解决方式。
保留证据：
- 无论选择协商还是仲裁，都需要保留好相关证据材料。这些证据将有助于证明您的实际出勤情况以及单位扣罚全勤奖的合理性或不合理性。
寻求专业帮助：
- 如果您对劳动仲裁流程不熟悉或者担心自己的权益无法得到充分保障，可以寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理仲裁等服务，确保您的权益得到有效维护。
最后，如果您认为单位的全勤奖扣罚制度不合法、不合理且实际损害了您的权益，那么您完全有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。