库房盘点差异3次自动离职并不合法。以下是对此问题的详细分析：

1. 自动离职的合法性基础：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的解除应当遵循法定程序和条件。用人单位不能单方面设定自动离职的条件，尤其是基于库房盘点差异这样的非严重违纪行为。
   • 自动离职通常指的是劳动者未按照法定程序或劳动合同约定，擅自离开工作岗位的行为。而在此情况下，是用人单位试图以库房盘点差异为由，单方面设定自动离职的条件，这缺乏法律依据。

2. 库房盘点差异与劳动合同解除的关系：

   • 库房盘点差异可能由多种原因造成，包括但不限于管理疏忽、操作失误、盗窃等。将库房盘点差异直接与劳动合同解除相联系，缺乏合理的因果关系。
   • 即使库房盘点差异是由于劳动者的过错造成的，用人单位也应当通过合法的程序进行调查和处理，如给予警告、罚款、调岗或解除劳动合同等，而不是直接设定自动离职的条件。

3. 用人单位的合法解除权：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，用人单位在特定情况下有权解除劳动合同，如劳动者严重违反用人单位的规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等。
   • 然而，库房盘点差异3次并不构成严重违反规章制度或严重失职的情形，因此用人单位不能以此为由单方面解除劳动合同。

4. 法律建议：

   • 对于用人单位而言，应当建立完善的库房管理制度和盘点流程，明确责任人和奖惩机制，以减少库房盘点差异的发生。
   • 当库房盘点差异发生时，用人单位应当及时进行调查和处理，根据调查结果采取相应的措施，如加强培训、调整岗位或解除劳动合同等。但解除劳动合同应当遵循法定程序和条件，不能单方面设定自动离职的条件。
   • 对于劳动者而言，如果用人单位以库房盘点差异为由要求自动离职或解除劳动合同，劳动者有权拒绝并寻求法律援助。劳动者可以向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，维护自己的合法权益。

综上所述，库房盘点差异3次自动离职并不合法。用人单位应当遵循法定程序和条件解除劳动合同，劳动者也有权维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。