结论：医院开具的两个月假条，单位不批是否合法，需根据具体情况判断，若假条符合法律规定且员工病情确实需要休息，单位不批一般不合法；若假条存在瑕疵或员工病情无需休息那么久，单位不批则可能合法。以下从不同角度详细分析：
一、假条的合法性及单位审批的法律依据
假条的合法性：
- 医院开具的假条，若基于员工真实的病情，且符合医疗机构的诊断规范和休假建议，那么该假条在法律上是有效的。
- 假条应明确载明员工的姓名、病情、休假建议期限等信息，并加盖医院公章或医生签名，以确保其真实性。
单位审批的法律依据：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，企业应根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予一定的医疗期。
- 在医疗期内，员工享有病假工资或疾病救济费，且企业不得随意解除劳动合同。
- 单位在审批假条时，应基于员工的实际病情和医疗需要，以及企业的规章制度和劳动法规定进行综合考虑。
二、单位不批假条的可能情况及合法性分析
假条存在瑕疵：
- 若假条信息不完整、未加盖医院公章或医生签名、休假期限与病情不符等，单位有权要求员工重新提供合法有效的假条，或拒绝批准该假条。
- 此种情况下，单位不批假条是合法的。
员工病情无需休息那么久：
- 若单位认为员工的病情并不需要休息两个月，或者员工已经恢复了工作能力，单位可以拒绝批准过长的休假申请。
- 但单位应提供合理的依据，如医疗机构的复查意见、员工的工作表现等，以证明其决策的合理性。
- 若单位能提供充分证据，此种情况下不批假条也是合法的。
单位规章制度或劳动合同有特别规定：
- 若单位的规章制度或劳动合同中明确规定了病假的审批流程、休假期限等，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，单位可以按照这些规定执行。
- 若员工违反了这些规定，单位不批假条同样是合法的。
三、员工应对单位不批假条的建议
与单位沟通：
- 员工应首先与单位的人力资源部门或直接上级进行沟通，了解单位不批假条的具体原因，并尝试协商解决。
提供补充材料：
- 若假条存在瑕疵或单位对病情有疑问，员工可以提供更多的医疗证明材料，如复查报告、医生建议等，以证明其休假的必要性。
寻求法律援助：
- 若单位无正当理由拒绝批准假条，且员工的合法权益受到侵害，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。
最后，医院开具的两个月假条，单位不批是否合法，需根据假条的合法性、员工的实际病情、单位的规章制度以及劳动合同的约定等多方面因素进行综合考虑。若您在此方面遇到具体问题，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。