核心结论：劳动合同工资与实际发放工资不一致时，离职赔偿的计算需分情况讨论，主要取决于实际工资是否高于或低于合同工资，以及离职原因（如用人单位违法解除、劳动者被迫离职等）。以下是具体分析：

1. 经济补偿金/赔偿金的计算基数

根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿金按劳动者在劳动合同解除前12个月的平均工资计算。若实际工资高于合同工资，应以实际发放的平均工资为准；若实际工资低于合同工资（如用人单位故意少发），劳动者可主张按合同工资或实际应得工资（以较高者为准）计算补偿。

关键点：

• 需保留工资条、银行流水等证据，证明实际工资与合同不符；
• 若用人单位存在未足额支付工资的情形，劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条被迫离职，并主张经济补偿金（按实际工资计算）。

2. 加班费、未休年假工资等特殊赔偿

若离职涉及加班费、未休年假工资等赔偿，计算基数通常为实际工资（包括奖金、津贴等）。例如：

• 加班费：按实际工资的150%-300%计算；
• 未休年假工资：按实际工资的300%支付（含已发工资）。

提示：若合同工资与实际工资差异较大，需通过劳动仲裁或诉讼确认计算基数，用人单位可能需补足差额。

3. 用人单位违法解除劳动合同的赔偿金

若用人单位违法解除劳动合同，需支付赔偿金（经济补偿金的2倍）。此时计算基数同样以实际工资为准。例如：

• 劳动者月实际工资为15,000元，合同工资为10,000元，赔偿金应为：15,000元×工作年限×2。

4. 劳动者主动离职的补偿

若劳动者主动离职且无用人单位过错（如未足额支付工资、未缴社保等），通常无经济补偿；但若因用人单位降低实际工资被迫离职，可主张补偿。

行动建议：

1. 收集证据：工资条、银行流水、劳动合同、考勤记录等；
2. 确认离职原因：是否涉及用人单位违法或未履约；
3. 协商或仲裁：优先与用人单位协商，协商不成可申请劳动仲裁。

如有进一步疑问或需具体计算，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况详细解答。