结论：上二休一的工作模式下，请假两天休一天工资扣3天是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若请假两天中包含正常休息日，则扣3天工资可能不合法；若请假两天均为工作日且未获得批准，则扣3天工资可能合法，但需结合公司规章制度及劳动合同约定。以下为详细分析：
一、合法性分析
若请假两天中包含正常休息日：
- 在上二休一的工作模式下，员工本身享有固定的休息日。若请假两天中包含了一个正常休息日，那么实际上员工只请假了一天工作日。
- 根据《劳动法》及相关规定，员工在正常休息日休息是不应被扣减工资的。因此，若公司因员工请假而扣减了包含正常休息日在内的3天工资，这种做法可能不合法。
若请假两天均为工作日且未获得批准：
- 若员工请假两天均为工作日，且未获得公司的批准，那么公司有权根据规章制度对员工进行相应的处理，包括扣减工资。
- 但扣减工资的数额和方式需符合公司规章制度及劳动合同的约定，且不得违反法律法规的强制性规定。若公司规章制度或劳动合同中明确规定了请假未获批时的工资扣减标准，且该标准合法合理，则公司扣减3天工资可能合法。
二、公司规章制度与劳动合同的约定
- 公司规章制度：公司应制定明确的规章制度，规定请假的流程、审批权限以及工资扣减的标准等。员工在入职时应仔细阅读并了解这些规章制度，以便在请假时遵守相关规定。
- 劳动合同约定：劳动合同是员工与公司之间约定权利义务的重要文件。若劳动合同中明确规定了请假的工资扣减标准，则双方应按照劳动合同的约定执行。
三、建议与注意事项
员工方面：
- 在请假前，员工应仔细了解公司的规章制度和劳动合同中关于请假的规定。
- 若需请假，应提前向公司提出申请，并按照规定的流程进行审批。
- 若对公司的工资扣减有异议，可以与公司进行协商，或向劳动监察部门投诉。
公司方面：
- 公司应制定合法合理的规章制度，并明确告知员工。
- 在处理员工请假和工资扣减问题时，应严格按照规章制度和劳动合同的约定执行。
- 若需扣减员工工资，应确保扣减的数额和方式合法合理，并保留相关证据以备查。
四、可能的法律后果
- 若公司扣减工资不合法：员工有权要求公司补发被扣减的工资，并可能向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
- 若员工违反公司规章制度或劳动合同约定：公司有权根据规章制度对员工进行相应的处理，包括扣减工资、警告、解除劳动合同等。但处理方式需合法合理，并符合相关法律法规的规定。
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