关于加班工资的计算标准，它并非直接基于实发工资，而是依据劳动合同中的约定或相关法律法规来确定，通常是以应发工资（在剔除特定项目后）作为计算基数。下面我将为您详细解释：
一、加班工资基数的确定
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中已经明确规定了加班工资的计算基数，并且这个基数不低于当地的最低工资标准，那么我们就按照这个约定的基数来计算加班工资。这个基数可能是应发工资的一部分，也可能是全部，但关键在于它是双方协商一致的结果。
劳动合同无明确约定：
- 当劳动合同中没有明确约定加班工资的计算基数时，我们通常会参考劳动者正常出勤的月工资（即应发工资，但需剔除延长工作时间工资、特殊工作环境津贴等不稳定因素）的70%来确定。不过，也有部分地方规定可能采用劳动者前十二个月平均工资作为基数，同样需要剔除加班工资等不稳定因素。
二、实发工资与应发工资的区别
- 实发工资：这是劳动者实际到手的工资，它已经在应发工资的基础上扣除了社保、公积金、个税等费用。
- 应发工资：这是劳动者在提供正常劳动情况下应得的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴等，是税前工资，未扣除任何费用。
三、加班工资的计算原则
在计算加班工资时，我们应以应发工资（在剔除特定项目后）作为基数，而不是实发工资。这是因为应发工资更能真实反映劳动者的劳动报酬水平，也符合法律法规的公平原则。
四、具体计算方法
- 员工每日加班费 = 加班工资的计算基数 ÷ 21.75（月平均工作天数） × 每日加班工时
- 员工每小时加班费 = 加班工资的计算基数 ÷ （21.75 × 8）（月平均工作小时数） × 每小时加班工时
五、不同工时制下的加班费计算
- 标准工时制：按照上述确定的应发工资作为加班费计算基数，根据法定加班费率（平日150%，休息日200%，法定节假日300%）计算。
- 综合计算工时制：在某一具体周期内超过法定工作时间的部分视为延时加班，按照不低于员工应发工资150%的标准支付加班工资。法定节假日加班的，支付300%的加班工资。
- 不定时工作制：一般不存在延时加班和休息日加班的情形，但法定节假日工作仍需支付300%的加班工资。
- 计件工资制：根据标准工时制度合理确定劳动定额和计件报酬标准，完成计件定额任务后安排延长工作时间的，按照相应比例支付加班工资。
总结与建议
综上所述，加班工资的计算基数并非实发工资，而是根据劳动合同约定或相关法律法规确定的应发工资（在剔除特定项目后）。在实际操作中，用人单位应严格按照法律法规和劳动合同约定执行，确保加班费的正确计算和支付。如果您对加班工资的计算仍有疑问或遇到争议，建议咨询专业的劳动法律师或相关部门进行详细了解和处理。