结论概述：针对您提出的问题，即员工投入5万，工作6年后分得6万后离职的情况，这主要涉及到的是员工与店铺之间的投资关系及可能的劳动法律关系。首先，需要明确的是，员工投入资金并参与经营，这通常构成了一种投资或合伙关系，而非单纯的劳动关系。不过，如果员工同时提供了劳动并领取了工资，那么也存在劳动关系。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 投资或合伙关系角度：

   • 法律关系：如果员工投入资金并参与了店铺的经营决策，分享了利润，那么这更可能被视为一种投资或合伙关系。在这种情况下，员工离职时，其投资回报应依据双方之间的投资协议或合伙协议来确定。
   • 处理建议：
     • 审查双方签订的投资协议或合伙协议，明确员工离职时的权益处理方式。
     • 如果没有书面协议，双方应协商确定员工应得的回报，可以考虑按照投资比例、经营贡献等因素进行分配。
     • 如果协商不成，可以考虑通过法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁。

2. 劳动关系角度（如果员工同时提供了劳动）：

   • 法律关系：如果员工在投入资金的同时，也为店铺提供了劳动并领取了工资，那么员工与店铺之间同时存在投资关系和劳动关系。在这种情况下，员工离职时，除了处理投资回报外，还需要考虑劳动法律关系下的权益，如经济补偿、未休年假工资等。
   • 处理建议：
     • 对于劳动关系下的权益，应依据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规进行处理。
     • 经济补偿的计算通常依据员工在店铺的工作年限和月工资来确定。具体计算公式为：经济补偿 = 工作年限 × 月工资（月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）。
     • 如果员工符合领取经济补偿的条件，店铺应依法支付。
     • 同时，应确保员工的其他劳动权益，如社会保险、住房公积金等也得到妥善处理。

3. 综合处理建议：

   • 明确关系性质：首先，需要明确员工与店铺之间是单纯的投资关系、合伙关系，还是同时存在劳动关系。这有助于确定后续的处理方式和法律依据。
   • 协商解决：在明确关系性质后，双方应首先尝试通过协商解决问题。协商可以更加灵活地处理各种权益和利益分配问题，避免不必要的法律纠纷。
   • 法律途径：如果协商不成，双方可以考虑通过法律途径解决争议。这包括提起诉讼或申请仲裁等。在选择法律途径时，应充分考虑各种因素，如成本、时间、证据等。

特别提醒：由于您描述的情况可能涉及复杂的法律关系和权益分配问题，因此建议在实际操作前咨询专业律师（即我本人，沈泽宇律师，专注于合同纠纷、公司事务、婚姻家庭、劳动纠纷领域）的意见。我可以根据您的具体情况提供更加详细和准确的法律建议。