结论前置：承包人拿着运输工程款跑了，这一行为是否违法取决于具体情况，但通常可能涉及违法甚至犯罪。针对此情况，你可以采取一系列法律措施来维护自己的权益。
一、行为性质分析
合同违约：
- 如果承包人与你或你的公司之间存在运输合同，且合同中明确规定了工程款的支付方式和时间，那么承包人擅自拿走工程款并逃跑，显然违反了合同约定，构成合同违约。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约方应承担违约责任，包括赔偿损失等。
可能构成犯罪：
- 如果承包人拿走的工程款数额较大，且其逃跑行为具有非法占有为目的，那么可能构成诈骗罪或合同诈骗罪。
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，诈骗公私财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
二、应对措施
收集证据：
- 尽快收集与承包人之间的合同、付款记录、沟通记录等证据，以证明承包人的违约行为或犯罪行为。
- 如果有目击者或其他相关证据，也应一并收集。
报警处理：
- 如果认为承包人的行为可能构成犯罪，应立即向当地公安机关报案，并提供相关证据。
- 公安机关将依法进行调查，并根据调查结果采取相应的法律措施。
提起民事诉讼：
- 如果承包人的行为仅构成合同违约，你可以向法院提起民事诉讼，要求承包人承担违约责任，包括赔偿损失等。
- 在诉讼过程中，你需要提供充分的证据来证明自己的主张。
申请财产保全：
- 在提起民事诉讼或报警处理的同时，你可以向法院申请财产保全，以防止承包人转移或隐匿财产，确保后续判决的执行。
三、后续建议
加强合同管理：
- 在未来的业务合作中，应加强对合同的管理和审查，确保合同条款明确、合法、有效。
- 定期对合同履行情况进行检查和评估，及时发现并解决问题。
选择信誉良好的合作伙伴：
- 在选择承包人或其他合作伙伴时，应进行充分的调查和了解，选择信誉良好、实力雄厚的合作伙伴。
- 可以要求合作伙伴提供担保或保证金等措施，以降低合作风险。
及时咨询法律专业人士：
- 在遇到法律问题时，应及时咨询法律专业人士，如律师等，以获取专业的法律意见和建议。
- 法律专业人士将根据你的具体情况和需求，为你提供个性化的法律解决方案。
四、特别提醒
- 在处理此类问题时，请务必保持冷静和理性，不要采取过激或违法的行为来维护自己的权益。
- 及时与相关部门和机构沟通协作，共同维护市场秩序和公平正义。
如果你有任何进一步的疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。