结论：对于“违法行为轻微并及时改正，且没有造成危害后果”的情形，行政机关应当不予行政处罚，但这并不意味着可以直接不予立案。是否立案需根据具体案件情况，结合相关法律法规及行政机关的立案标准来综合判断。
一、法律规定与解读
- 《中华人民共和国行政处罚法》第三十三条：
- 违法行为轻微并及时改正，没有造成危害后果的，不予行政处罚。
- 初次违法且危害后果轻微并及时改正的，可以不予行政处罚。
此条款明确了在特定条件下，行政机关对轻微违法行为可以不予行政处罚的原则，体现了行政处罚的过罚相当原则和处罚与教育相结合的原则。
- 立案标准：
- 立案是行政机关对涉嫌违法的行为进行初步审查后，决定是否启动正式调查程序的过程。
- 立案标准通常包括违法行为的性质、情节、社会危害程度以及是否有明确的违法嫌疑人等因素。
二、是否可以直接不予立案的分析
不予行政处罚与不予立案的区别：
- 不予行政处罚是行政机关在调查后，对符合特定条件的违法行为作出的处理决定。
- 不予立案则是行政机关在初步审查后，决定不启动正式调查程序的行为。
是否可以直接不予立案：
- 不能直接不予立案：即使违法行为轻微并及时改正，且没有造成危害后果，行政机关也不能直接以此为由不予立案。因为立案是调查程序的启动环节，其目的在于对涉嫌违法的行为进行初步审查，以确定是否需要进一步调查。
- 立案后可能不予处罚：行政机关在立案后，经过调查发现违法行为符合《行政处罚法》第三十三条规定的条件的，可以依法作出不予行政处罚的决定。
三、实践应用与操作指南
行政机关的操作流程：
- 行政机关在接到涉嫌违法的举报或发现涉嫌违法的行为后，应首先进行初步审查，以确定是否符合立案条件。
- 符合立案条件的，应依法立案并启动调查程序；不符合立案条件的，应告知举报人或发现人并说明理由。
- 在调查过程中，如发现违法行为轻微并及时改正，且没有造成危害后果的，可以依法作出不予行政处罚的决定。
当事人的权利与义务：
- 当事人有权对行政机关的立案决定提出异议或申请复议。
- 当事人应积极配合行政机关的调查工作，如实提供相关证据和信息。
- 如当事人认为自己的行为符合不予行政处罚的条件，可以在调查过程中向行政机关提出申请，并提供相关证据予以证明。
四、注意事项与后续措施
行政机关的裁量权：
- 行政机关在判断是否立案以及是否给予行政处罚时，享有一定的裁量权。但裁量权的行使应遵循合法、合理、公正的原则。
当事人的自我纠错：
- 即使行政机关决定立案调查，当事人仍有机会通过及时改正违法行为来争取不予行政处罚的结果。
持续监督与教育：
- 对于已改正的轻微违法行为，行政机关应保持持续关注，确保当事人不再重犯。
- 行政机关还应加强对当事人的法律教育，提高其法律意识和守法自觉性。
综上所述，对于“违法行为轻微并及时改正，且没有造成危害后果”的情形，行政机关应当不予行政处罚，但这并不意味着可以直接不予立案。是否立案需根据具体案件情况及相关法律法规来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。