结论：若公司改为12小时工作制而您不想继续工作，您可以根据具体情况选择与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
详细分析：
与公司协商：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者有权拒绝用人单位违法延长工作时间的要求。若公司未经与您协商一致，单方面改变工作制度，延长工作时间，这可能违反了劳动法的规定。
- 建议行动：您可以首先尝试与公司进行协商，表达您对12小时工作制的不满和担忧，提出合理的诉求，如恢复原工作制度、调整工作时间或给予相应的加班补偿等。
向劳动监察部门投诉：
- 法律依据：如果公司拒绝协商或协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，包括要求用人单位改正违法行为、给予劳动者相应的赔偿等。
- 建议行动：在投诉时，您需要提供相关证据，如工作合同、工资单、工作记录等，以证明公司存在违法行为。劳动监察部门将会对您的投诉进行调查，并根据调查结果作出相应的处理决定。
申请劳动仲裁：
- 法律依据：如果投诉后问题仍未得到解决，您可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，其裁决具有法律效力。
- 建议行动：在申请劳动仲裁时，您需要提交仲裁申请书和相关证据材料。仲裁委员会将会对您的申请进行审查，并安排开庭审理。在审理过程中，您可以充分陈述自己的诉求和理由，并提供相关证据支持自己的主张。仲裁委员会将会根据事实和法律规定作出裁决，裁决结果对双方均具有约束力。
额外建议：
- 保留证据：在整个过程中，您需要保留好所有与公司相关的证据材料，如工作合同、工资单、工作记录、沟通记录等。这些证据将有助于您证明自己的诉求和主张。
- 了解法律：在采取行动之前，建议您先了解相关的劳动法律法规和政策规定，以便更好地维护自己的合法权益。
- 寻求帮助：如果您在处理过程中遇到困难或不确定如何操作，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。
可能后果：
- 如果公司确实存在违法行为，且您能够提供充分的证据支持自己的主张，那么您有可能通过协商、投诉或仲裁等方式获得相应的赔偿或恢复原工作制度。
- 如果公司拒绝承认违法行为或拒绝履行裁决结果，您可能需要进一步采取法律手段来维护自己的权益，如向法院提起诉讼等。但这种情况相对较少见，因为大多数公司都会尊重法律裁决并履行相应义务。