职务侵占主动交回公司后，公司及司法机关通常会根据具体情况进行如下处理：
公司内部处理：
- 纪律处分：公司可能会根据内部规章制度，对涉事员工进行纪律处分，如警告、记过、降职或解雇等。这些处分旨在维护公司秩序，警示其他员工。
- 追偿损失：若职务侵占行为已给公司造成经济损失，公司有权要求涉事员工赔偿。主动交回侵占财物可视为员工对错误的认识和改正，公司在追偿时可能会酌情考虑这一因素。
- 内部调查：公司可能会启动内部调查程序，以查明职务侵占的具体情况，包括涉事金额、时间、方式等，为后续处理提供依据。
司法机关处理：
- 刑事立案与否：职务侵占行为若构成犯罪，即达到刑事立案标准（如侵占数额较大），即使员工主动交回财物，司法机关仍可能依法立案侦查。主动交回财物可作为量刑时的从轻或减轻情节考虑。
- 从轻或减轻处罚：根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，犯罪嫌疑人主动投案、如实供述罪行、积极退赃等，可以从轻或减轻处罚。因此，员工主动交回职务侵占的财物，有助于在司法程序中争取更轻的刑罚。
- 不起诉或缓刑：在特定情况下，如职务侵占数额较小、情节轻微，且员工主动交回财物、认罪态度好，司法机关可能决定不起诉或适用缓刑。
建议与注意事项：
- 及时沟通：员工在发现职务侵占行为后，应尽快与公司沟通，主动交回财物，并表达悔意和改正的决心。
- 配合调查：员工应积极配合公司和司法机关的调查工作，如实提供相关信息和证据。
- 寻求法律帮助：若员工对职务侵占行为的法律后果存在疑虑，或担心自身权益受到侵害，可寻求专业律师的法律帮助，以更好地维护自身合法权益。
总结来说，职务侵占主动交回公司后，公司会根据内部规章制度进行纪律处分和追偿损失，同时司法机关也会根据具体情况决定是否立案侦查以及如何量刑。员工应积极配合调查，表达悔意和改正的决心，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。