店铺转让合同一般由受让人（即新的店铺经营者）持有，但具体归属需根据转让情形和法律规定来确定。以下是对此问题的详细分析：
一、基本原则与结论
店铺转让涉及租赁权的变动时，核心在于判断租赁合同中的权利义务是否随之转移。这主要取决于转让是否经过出租人同意，以及受让人是否愿意并能够承接原租赁合同。在大多数情况下，若转让经过出租人同意且受让人愿意继续履行，原租赁合同（或转让后形成的新合同）将由受让人持有，作为其享有租赁权利和承担义务的法律依据。
二、具体情形分析
承租人转租店面（未涉及租赁权转让）
- 在此情形下，原租赁合同仍然约束出租人和原承租人。转租只是使用权的一时让渡，不改变原租赁关系的本质。
- 原承租人需继续向出租人履行租金支付等义务，而次承租人（即受让人）则基于转租合同与原承租人发生关系。此时，店铺转让合同（转租合同）一般由次承租人持有，但原租赁合同仍由原承租人保管。
店面连同租赁权一并转让（合同权利义务概括转移）
- 当店面转让涉及租赁权的完全转让时，需经出租人明确同意。
- 一旦转让完成，受让人取代原承租人在租赁合同中的地位，享有权利并承担义务。此时，原租赁合同（或经三方协商后形成的新合同）应交付给受让人持有。
未经出租人同意的转让
- 若转让未经出租人同意，原租赁合同继续对原承租人和出租人具有法律约束力。
- 受让人不能直接获得原租赁合同的权利，其使用店面可能面临法律风险。在此情形下，店铺转让合同可能因违法而无效，或仅在原承租人和受让人之间产生效力，但无法对抗出租人。
三方协商一致
- 原承租人与受让人、出租人三方可通过协商一致，对原租赁合同进行变更或重新签订新合同。
- 这为各方提供了灵活处理租赁关系的机会，以明确各自的权利和义务。在此情形下，新签订的合同或变更后的合同将由受让人持有。
三、操作建议与法律后果
- 操作建议：在进行店铺转让时，为确保租赁关系的合法性和稳定性，建议各方当事人充分沟通并明确权利义务关系；遵循相关法律法规和地区性规定；在必要时寻求专业法律意见；确保转让过程合法合规，以避免不必要的法律纠纷。
- 法律后果：若转让过程违法或未经出租人同意，受让人可能面临无法继续使用店面的风险，并可能承担违约责任或赔偿责任。同时，原承租人也可能因违法转让而承担法律责任。
四、特殊情形考虑
- 特殊类型房屋与地区性规定：租赁特殊类型房屋（如军产房、廉租房等）需遵守相关特殊规定，并可能需要额外的审批或证明文件。在某些地区，租赁合同还需到相关部门备案登记，可能涉及提交其他材料的要求。这些特殊情形可能影响店铺转让合同的归属和效力。
综上所述，店铺转让合同的归属问题需根据具体情况和相关法律法规进行判断和处理。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供全面、准确的法律解答。