店铺转让合同纠纷在司法实践中，其案由的确定主要依据合同的性质、内容及双方当事人的争议焦点，一般来说，可能涉及以下几个主要案由：
买卖合同纠纷：
- 定义与适用：买卖合同是出卖人转移标的物的所有权于买受人，买受人支付价款的合同。在店铺转让合同中，如果转让方将店铺的所有权（包括店铺内的装修、设备、存货等）有偿转让给受让方，并约定了价款支付等条款，那么这种合同本质上属于买卖合同。
- 常见情形：例如，转让方未按照合同约定交付店铺或交付的店铺不符合合同约定；受让方未按照合同约定支付价款；双方对店铺内设备的归属、存货的处理等存在争议。
租赁合同纠纷：
- 定义与适用：如果店铺转让合同中包含了租赁权的转让，即转让方将其与房东之间的租赁合同中的权利义务一并转让给受让方，并且双方对此产生了争议，那么该纠纷可能同时涉及租赁合同的相关法律规定。但需要注意的是，单纯的租赁权转让并不改变买卖合同的本质，因此主要案由可能仍为“买卖合同纠纷”，不过在具体处理时，法院可能会参考租赁合同的相关法律规定来审理涉及租赁权转让的部分。
- 常见情形：例如，转让方未告知受让方租赁合同中的特殊条款（如租金递增、租赁期限限制等），导致受让方在接手店铺后产生纠纷。
其他可能涉及的案由：
- 确认合同无效纠纷：如果一方当事人认为店铺转让合同存在无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通等），并请求法院确认合同无效，那么该纠纷的案由可能为“确认合同无效纠纷”。
- 服务合同纠纷或特许经营合同纠纷：在特定情况下，如果店铺转让涉及特定服务（如客户资源、会员体系、品牌运营服务）的转让，或者店铺是特许经营店铺，转让涉及特许经营权的转移，且纠纷围绕这些特定事项产生，那么可能分别归类为服务合同纠纷或特许经营合同纠纷。
在处理店铺转让合同纠纷时，建议采取以下步骤：
- 明确合同性质与内容：首先，要仔细审查店铺转让合同的具体条款，明确合同的性质（是买卖合同、租赁合同还是其他类型的合同）以及双方的权利义务。
- 收集证据：收集与纠纷相关的所有证据，包括合同文本、付款凭证、交付凭证、沟通记录等，以便在诉讼或仲裁中支持自己的主张。
- 协商解决：在可能的情况下，尝试与对方进行协商，寻求和解或调解的方式解决纠纷，以节省时间和成本。
- 寻求法律途径：如果协商无果，可以向人民法院提起诉讼或根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，要遵循法律程序，提供充分证据支持自己的主张。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第五百九十五条：买卖合同是出卖人转移标的物的所有权于买受人，买受人支付价款的合同。
- 《中华人民共和国民法典》第七百一十六条：承租人经出租人同意，可以将租赁物转租给第三人。承租人转租的，承租人与出租人之间的租赁合同继续有效；第三人造成租赁物损失的，承租人应当赔偿损失。承租人未经出租人同意转租的，出租人可以解除合同。
希望以上解答能够帮助你更好地理解店铺转让合同纠纷的案由及处理方式。如果你有任何进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。