医院在医生退休时签订协议不允许其在本县医疗机构执业，这一做法的合法性需要分情况讨论：
从劳动合同法及竞业限制的角度分析：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，竞业限制通常适用于用人单位与负有保密义务的劳动者之间，且竞业限制的范围、地域、期限需由双方约定，并不得违反法律、法规的规定。在医生退休的情况下，若医生并不负有特定的保密义务，或者医院与医生之间并未就竞业限制达成明确协议，那么医院单方面要求医生退休后不得在本县医疗机构执业，可能缺乏法律依据。
- 即便存在竞业限制协议，其限制范围也应合理，不能过度限制医生的就业权利。例如，若限制期限过长或限制范围过广（如限制在整个省份或全国范围内），可能被视为不合理，从而影响协议的合法性。
从医生执业权利的角度分析：
- 医生作为专业技术人员，享有依法执业的权利。医院在医生退休后限制其在本县医疗机构执业，可能侵犯了医生的这一基本权利。除非有明确的法律法规或政策依据，否则医院无权单方面剥夺医生的执业自由。
从实际案例和司法实践的角度分析：
- 在实际案例中，法院通常会综合考虑多种因素来判断类似协议的合法性，包括协议的目的、限制的范围、期限以及是否对医生的合法权益造成了不当影响等。如果医院无法提供充分的理由证明其限制行为的合理性，法院可能会认定该协议无效或部分无效。
法律建议：
- 对于医生而言，如果面临此类情况，应仔细审查协议内容，评估其合法性和合理性。如果认为协议存在不合法或不合理之处，可以与医院进行协商，寻求修改或解除协议。若协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的合法权益。
- 对于医院而言，在制定此类协议时，应确保协议内容符合法律法规的规定，避免过度限制医生的就业权利。同时，医院也应考虑提供合理的补偿或激励措施，以平衡双方的利益。
可能产生的法律后果：
- 如果医院与医生签订的协议被认定为无效或部分无效，医院可能无法依据该协议限制医生的执业行为。此外，医院还可能面临因违法限制医生执业权利而引发的法律纠纷和赔偿责任。
总结与进一步思考：
- 医院在医生退休时签订协议限制其在本县医疗机构执业的合法性并非绝对，而是需要根据具体情况进行综合判断。在处理此类问题时，双方应秉持公平、合理的原则，通过协商或法律途径解决争议。如果您或您身边的医生朋友遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供更详细的法律建议。