不在执业机构行医一般是不合法的，以下从不同角度为你详细分析：

合法性角度

根据《中华人民共和国医师法》等相关法律法规，医师必须在注册的执业地点、执业类别、执业范围内执业。执业机构是医师合法行医的重要依托，医师离开其注册的执业机构，在未获得新的合法执业许可的情况下进行行医活动，属于超范围执业或者非法行医的范畴。例如，一位注册在某医院的内科医生，未经批准到其他非注册的医疗机构或者私人场所开展诊疗活动，这就违反了法律规定。

法律后果角度

1. 行政处罚：对于不在执业机构行医的行为，卫生行政部门有权依据相关法律法规进行行政处罚。处罚措施可能包括警告、罚款、没收违法所得、暂停执业活动直至吊销医师执业证书等。具体的处罚力度会根据违法情节的严重程度，如行医的时间长短、造成的后果等因素来综合判定。
2. 民事责任：如果在非法行医过程中给患者造成了人身损害，医师还需要承担相应的民事赔偿责任。患者有权要求非法行医者赔偿因医疗行为导致的医疗费、误工费、护理费、残疾赔偿金等各项损失。
3. 刑事责任：在情节严重的情况下，非法行医可能构成犯罪。根据《刑法》第三百三十六条的规定，未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。虽然这里主要针对的是未取得医生执业资格的人，但医师不在执业机构行医，如果造成严重后果，同样可能面临刑事追责。

特殊情况角度

当然，也存在一些特殊情况。比如，医师在紧急情况下为了抢救患者生命，在非执业机构进行必要的急救措施，这通常不被视为非法行医。但这种情况有严格的限定条件，必须是紧急情况且是为了挽救生命，并且在事后需要及时向相关部门报告说明情况。

总之，为了确保医疗行为的合法性和安全性，医师应当严格遵守法律法规，在其注册的执业机构内按照规定的范围开展诊疗活动。如果你在医疗医患方面还有其他问题，可以直接向我咨询。