辩护人申请排除非法证据进行法庭检查后，是可以进行法庭辩论的。以下从不同角度为你详细分析：

法律程序角度

在刑事诉讼中，法庭审理通常遵循一定的程序。当辩护人提出排除非法证据的申请后，法庭会先对该申请进行审查和调查，即进行法庭检查。这一步骤的目的是确定相关证据是否确实存在非法收集的情况，以及是否应当予以排除。在完成这一审查和调查程序后，法庭并不会就此结束对案件的审理，而是会继续进行后续的法庭辩论等环节。法庭辩论是刑事诉讼中一个至关重要的环节，它允许控辩双方就案件的事实、证据、法律适用等问题进行充分的辩论和阐述，以确保法庭能够全面、客观地了解案件情况，从而作出公正的判决。

实际操作角度

从实际操作层面来看，法庭检查和法庭辩论是两个相对独立但又相互关联的环节。法庭检查主要关注的是证据的合法性，而法庭辩论则更侧重于对案件事实和法律适用的全面探讨。在法庭检查结束后，如果法庭认为相关证据存在非法收集的情况并决定予以排除，那么这一决定将直接影响后续法庭辩论中双方对证据的引用和论证。但这并不意味着法庭辩论就无法进行，相反，法庭辩论仍然可以围绕其他合法证据以及案件的其他相关事实和法律适用问题进行。

案例参考角度

在实际的司法实践中，也有许多案例表明，在辩护人申请排除非法证据并进行法庭检查后，法庭仍然会继续进行法庭辩论。例如，在某些涉及刑讯逼供等非法取证手段的案件中，辩护人提出排除非法证据的申请后，法庭会进行详细的调查和审查。在确认相关证据确实存在非法收集的情况后，法庭会依法排除这些证据，并允许控辩双方就剩余证据和案件事实进行法庭辩论。这样的程序安排既保障了被告人的合法权益，又确保了法庭审理的公正性和全面性。

建议：在刑事诉讼中，如果辩护人认为存在非法证据的情况，应当及时提出排除非法证据的申请，并积极配合法庭进行审查和调查。同时，在法庭辩论环节，辩护人也应当充分利用合法证据和法律规定，为被告人进行有力的辩护。如果你在刑事辩护方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。