根据现行法律规定，员工因脑梗在该公司工作两年，医疗期通常为3个月。具体分析如下：

1. 医疗期的基本规定
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期长度与员工实际工作年限及在本单位工作年限相关。对于在本单位工作5年以下的员工：
   

• 实际工作年限10年以下的，医疗期为3个月；
  
• 实际工作年限10年以上的，医疗期为6个月。
  由于您提到“工作两年”，若您的总工龄未满10年，则医疗期按3个月计算。

1. 医疗期的计算方式
   医疗期并非一次性连续休满，而是按累计病休时间计算。例如：
   

• 3个月医疗期可在6个月内累计休满（如分3次、每次1个月）；
  
• 6个月医疗期可在12个月内累计休满。
  具体起止时间需以医院出具的病假证明为准，公司需据此安排病休。

1. 特殊情况说明
   若脑梗属于职业病或工伤，则不适用医疗期规定，而是按《工伤保险条例》享受工伤医疗待遇，期限可能更长且待遇更优。此时需通过劳动能力鉴定确认停工留薪期。

建议行动：

1. 确认您的总工龄（若超过10年，医疗期可能延长至6个月）；
   
2. 要求医院出具详细病假证明，明确建议休息时间；
   
3. 与公司沟通医疗期计算方式，确保病休时间合法累计；
   
4. 若公司拒绝病假或缩短医疗期，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   

如有进一步疑问（如医疗期工资发放、合同解除限制等），可直接向我咨询。