结论：在工程双方有指定法院的情况下，工程合同纠纷案债权转让后，受让人一般应向原合同约定的指定法院起诉，但需注意该约定是否符合法律规定且未被变更或撤销。
详细分析：
合同约定优先：
- 在建设工程合同中，双方当事人可以事先约定发生纠纷时的管辖法院。这种约定通常体现在合同中的“争议解决”或“法律适用”条款中。
- 如果合同中明确指定了某一法院作为管辖法院，并且该约定符合《中华人民共和国民事诉讼法》中关于协议管辖的规定（即不违反级别管辖和专属管辖的规定），那么该约定对双方当事人具有约束力。
债权转让的影响：
- 债权转让是指债权人将其债权全部或部分转让给第三人的行为。在债权转让后，受让人取代原债权人的地位，成为新的债权人。
- 债权转让本身并不改变原合同中的管辖约定。除非原合同中有特别约定，或者债权转让时双方当事人另有约定，否则受让人应继续受原合同管辖约定的约束。
法律规定与例外：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。
- 如果原合同中的管辖约定违反了法律规定（如选择了与争议无实际联系的地点的人民法院管辖），或者该约定已被双方当事人变更或撤销，那么该约定将不再具有约束力。此时，受让人应根据法律规定的其他管辖原则（如被告住所地、合同履行地等）来确定管辖法院。
实际操作建议：
- 在债权转让前，受让人应仔细审查原合同中的管辖约定，确保该约定合法有效且未被变更或撤销。
- 如果对原合同中的管辖约定存在疑问或争议，受让人可以与原债务人协商修改管辖约定，或者通过法律途径确认管辖约定的效力。
- 在起诉时，受让人应按照原合同中的管辖约定向指定的法院提交起诉状和相关证据材料。如果法院认为管辖约定合法有效，将受理案件并进行审理。
举例说明：
假设某建设工程合同中约定：“因本合同引起的或与本合同有关的任何争议，双方应友好协商解决；协商不成的，应提交至甲方（即发包方）所在地人民法院诉讼解决。”后来，乙方（即承包方）将其债权转让给了丙方。在此情况下，丙方作为受让人，应继续受原合同中管辖约定的约束，即应向甲方所在地人民法院提起诉讼。
进一步思考：
- 如果原合同中的管辖约定不明确或存在歧义，受让人应如何确定管辖法院？此时，受让人可以与原债务人协商补充明确管辖约定，或者根据法律规定的其他管辖原则来确定管辖法院。
- 如果债权转让后，原债务人提出管辖异议怎么办？原债务人可以在提交答辩状期间提出管辖异议，法院将依法审查并作出裁定。如果裁定驳回管辖异议，原债务人可以上诉；如果裁定移送管辖，受让人应按照新的管辖法院进行诉讼。
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