工程合同纠纷的管辖法院确定，主要遵循以下原则：

1. 专属管辖原则：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条的规定，因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。建设工程合同纠纷，作为不动产纠纷的一种，同样适用这一原则。这意味着，工程合同纠纷通常应向建设工程所在地的人民法院提起诉讼。例如，若建设工程位于北京市朝阳区，那么与该工程相关的合同纠纷就应由北京市朝阳区人民法院管辖。
   • 专属管辖具有强制性和排他性，即当事人不能通过协议改变管辖法院，即使合同中有相关约定，若该约定违反了专属管辖的规定，也将被视为无效。

2. 约定管辖原则（在不违反专属管辖和级别管辖的前提下）：

   • 尽管专属管辖具有排他性，但《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条也允许合同当事人在不违反级别管辖和专属管辖规定的前提下，通过书面协议选择与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。这意味着，如果工程合同中有明确的管辖约定，且该约定不违反法律关于专属管辖和级别管辖的规定，那么也可以按照约定的法院去起诉。
   • 例如，若甲乙双方在合同中约定由合同签订地A市法院管辖，且该约定不违反专属管辖和级别管辖的规定，则发生纠纷时应向A市法院提起诉讼。

3. 级别管辖原则：

   • 在确定具体管辖法院时，还需考虑案件的标的额、影响范围等因素，以判断应向基层人民法院、中级人民法院还是高级人民法院提起诉讼。
   • 一般来说，基层人民法院管辖第一审民事案件，但涉及重大涉外案件、在本辖区有重大影响的案件等，则可能由中级人民法院或更高级别的法院管辖。对于工程合同纠纷，如果标的额较大或案件影响范围较广，可能需要向中级人民法院或高级人民法院提起诉讼。

4. 特殊情况下的管辖：

   • 如果建设工程跨越了两个或两个以上的行政区域，那么一般由这些区域共同的上一级法院来管辖。
   • 另外，如果纠纷涉及多个工程，且这些工程不在同一地点，那么原则上各工程所在地法院都有管辖权，原告可以选择其中一个有管辖权的法院起诉。

在实际操作中，我建议你：

• 首先仔细审查工程合同中的管辖条款，确定是否有有效的管辖约定。
• 如果没有约定或约定无效，则根据建设工程所在地、被告住所地以及案件的标的额、影响范围等因素，确定起诉地点和级别管辖。
• 如果对管辖条款有疑问或不确定其效力，或者遇到其他复杂的法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。