当行政协议被判决撤销后，相关方应依据法律规定和实际情况妥善处理后续事宜，具体处理方式如下：
一、行政机关的应对
立即停止执行并纠正错误：
- 行政机关在收到法院撤销行政协议的判决后，必须立即停止执行该协议，并视为该协议自始无效。例如，若因行政协议导致的某项行政许可被撤销，行政机关需立即通知相关方并停止该许可的效力。
深入分析与反思：
- 行政机关应详细分析行政协议被撤销的具体原因，如是否存在事实认定不清、法律适用错误、违反法定程序等问题，并以此为契机反思和改进工作流程、执法规范及人员培训，避免类似问题再次发生。
重新作出行政行为（如有必要）：
- 若相关行政管理事项仍需处理，行政机关在纠正原问题后可重新作出行政行为。但需注意，不得基于同样事实和理由作出基本相同的行为，除非主要事实或理由有改变，且应确保新行为的合法性和合理性。
处理赔偿事宜：
- 对于因被撤销的行政协议而遭受损失的公民、法人或其他组织，行政机关应按照《国家赔偿法》的规定审查赔偿请求，及时、足额支付赔偿金。赔偿范围应包括直接损失和合理范围内的间接损失。
二、行政相对人的权益保护
恢复自身权益：
- 行政相对人可依据法院撤销判决要求恢复受影响的权益。例如，若行政协议导致营业执照被错误吊销，相对人可持判决书要求恢复其正常状态，并有权要求行政机关公开道歉或消除影响。
关注后续行动：
- 相对人应密切关注行政机关是否会重新作出行政行为，及时了解新行为的内容和依据，判断其合法性。若认为新行为仍存在问题，可通过行政复议或诉讼等途径维权。
提出赔偿请求：
- 如行政协议撤销是因行政机关违法或不当行为导致且造成实际损失，相对人有权要求赔偿。赔偿请求应明确损失范围、计算方式和依据，并附上相关证据材料。
三、其他利害关系人的权益保障
确认权益恢复：
- 其他利害关系人应确认自身权益是否因行政协议撤销而恢复到正常状态。例如，相邻土地使用权人应关注采光、通行等权益是否不再受限，并有权要求行政机关采取措施保障其权益。
参与后续程序：
- 如行政机关重新作出可能影响利害关系人权益的行政行为，利害关系人应积极参与相关程序，行使陈述、申辩等权利。必要时，可寻求法律援助或咨询专业律师以维护自身权益。
四、特殊情形下的处理
基于公共利益考量的撤销：
- 在某些特殊情况下，基于公共利益的考量，行政机关可能要求撤销行政协议。但此时应给予相对人合理补偿，并确保补偿方案公平、合理。相对人如对补偿方案有异议，可通过协商、调解或诉讼等途径解决。
撤销权的行使限制：
- 需注意撤销权的行使期限。根据《民法典》的相关规定，当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起一年内未行使撤销权的，撤销权消灭。但重大误解的当事人自知道或者应当知道撤销事由之日起九十日内未行使撤销权的，撤销权同样消灭。此外，自民事法律行为发生之日起五年内未行使撤销权的，撤销权也将消灭。
在处理行政协议被判决撤销的后续事宜时，各方主体应依据法律规定和实际情况妥善处理，确保合法权益得到恢复和保护。同时，行政机关应加强内部监督，提高工作人员业务能力和法律意识，防止类似情况再次发生。若您在处理此类事宜时遇到任何法律问题或困惑，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。