在行政协议共同诉讼中，若部分原告选择撤诉，处理方式需根据共同诉讼的类型来具体分析。
必要共同诉讼：
- 在必要共同诉讼中，由于当事人对诉讼标的拥有共同的权利和义务，部分原告的撤诉不会影响其他原告和被告的诉讼权利。
- 即便部分原告撤诉，案件依然会继续审理，但撤诉的原告将不再参与后续的诉讼流程。
普通共同诉讼：
- 在普通共同诉讼中，部分原告撤诉后，其与案件的实体权利义务关系随之消灭。
- 撤诉不会影响其他原告继续进行诉讼，法院仅会对未撤诉的原告与被告之间的纠纷继续审理。
此外，无论在哪种类型的共同诉讼中，部分原告撤诉都需要遵循一定的法律程序：
- 原告应明确撤诉意愿，并确保这是他们真实、自愿且未受任何不当影响的决定。
- 撤诉申请应在人民法院宣告判决或裁定前提出，并以书面形式向法院提交撤诉申请书。
- 法院会对原告的撤诉申请进行全面审查，重点确认撤诉是否是原告的真实意思表示，以及是否损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。
- 若法院经审查认为原告的撤诉申请符合法律规定，会作出准许撤诉的裁定；若认为不符合法律规定，会作出不准许撤诉的裁定。
综上所述，在行政协议共同诉讼中，部分原告撤诉的处理方式需根据共同诉讼的类型来确定，并遵循相应的法律程序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。