法院撤销协议后，原协议自始无效，双方需恢复至协议签订前的状态，并可能涉及财产返还、损失赔偿等后续处理。具体处理方式需结合协议类型、撤销原因及实际情况综合判断，以下分情况说明：

1. 协议被撤销后的法律后果

根据《民法典》第155条，被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。这意味着：

• 恢复原状：双方需返还因协议取得的财产（如金钱、物品等）；若无法返还或无必要返还，应折价补偿。
• 损失赔偿：若一方因协议存在过错（如欺诈、胁迫），需赔偿对方因此遭受的损失（如交易成本、利息等）。
• 过错责任：若撤销系因一方过错导致，过错方可能需承担更重的责任（如赔偿对方全部损失）。

示例：若A以欺诈手段与B签订房屋买卖合同，法院撤销合同后，A需返还购房款，B需返还房屋；若B因A的欺诈产生了评估费、律师费等损失，A需一并赔偿。

2. 不同撤销原因下的处理差异

协议被撤销的原因可能影响后续处理方式，常见情形包括：

• 欺诈、胁迫、显失公平：过错方需赔偿对方损失，且可能面临行政处罚（如欺诈行为涉及消费领域时）。
• 重大误解：双方通常无过错，但需根据实际情况分担损失（如一方因误解支付了高额费用，另一方可能需返还部分款项）。
• 违反法律强制性规定：协议无效后，双方可能需承担行政责任或刑事责任（如签订走私合同后被撤销，双方可能面临海关处罚或刑事追究）。

提示：若协议涉及第三方利益（如担保人、债权人），撤销后可能需协调第三方权益，避免引发连锁纠纷。

3. 实务操作建议

• 及时主张权利：协议被撤销后，应在法定期限内（通常为1年）向对方主张返还财产或赔偿损失，避免超过诉讼时效。
• 固定证据：保留协议文本、转账记录、沟通记录等证据，以证明财产返还或损失赔偿的合理性。
• 协商优先：若双方对处理方式无争议，可签订书面协议明确返还或赔偿方案，降低诉讼成本。
• 诉讼准备：若协商无果，需准备起诉状、证据清单等材料，向法院提起诉讼或申请强制执行。

总结：法院撤销协议后，双方需根据协议性质、撤销原因及实际情况，依法处理财产返还和损失赔偿问题。若涉及复杂情况（如跨境交易、多方纠纷），建议进一步梳理事实后向我咨询具体方案。