当行政复议撤销协议后，我们需要根据撤销的具体原因来采取相应的后续措施。以下是一个详细且有条理的处理流程：

一、明确行政复议撤销的原因

首先，要弄清楚行政复议为何会撤销原协议。这通常意味着原行政行为（即签订或执行该协议的行为）存在某些违法或不当之处。可能的原因包括：

1. 主要事实不清、证据不足：行政机关在作出行政行为时，未能充分收集或正确认定相关事实和证据，导致协议的基础不牢固。
2. 适用依据错误：行政机关在适用法律、法规或规章时出现错误，使得协议的内容或执行方式与法律规定不符。
3. 违反法定程序：行政机关在作出行政行为时未遵循法定的步骤和方式，如未进行必要的听证、公告等程序。
4. 超越职权或滥用职权：行政机关超出了其法定权限范围行使权力，或者不正当地行使了权力，导致协议的签订或执行不合法。
5. 行政行为明显不当：行政机关作出的行政行为虽然合法，但显失公正或不合理，如协议条款过于苛刻或对一方明显不利。

二、根据撤销原因采取相应措施

在明确了撤销原因后，我们可以根据具体情况采取以下措施：

1. 重新作出行政行为

   • 如果行政复议机关撤销了原协议，并责令行政机关在一定期限内重新作出行政行为（如重新签订协议），那么行政机关应当在规定的期限内依法重新进行调查、取证，并作出新的行政行为。
   • 在重新作出行政行为时，行政机关应当确保事实清楚、证据确凿、适用法律正确、程序合法，并避免再次出现之前的违法或不当情形。

2. 纠正违法行为

   • 如果行政复议机关仅撤销了原协议，并未要求重新作出行政行为，那么行政机关应当针对原协议中的违法或不当之处进行纠正。
   • 这可能包括补充调查、完善证据、更正法律依据、遵守法定程序等，以确保未来的行政行为合法合规。

3. 赔偿损失

   • 如果原协议给当事人造成了损失，且该损失是由于行政机关的违法或不当行为导致的，那么行政机关应当依法承担赔偿责任。
   • 当事人可以向行政机关提出赔偿请求，行政机关应当在法定期限内作出是否赔偿的决定。如果行政机关决定不予赔偿或赔偿数额不合理，当事人可以依法向人民法院提起诉讼。

4. 寻求司法救济

   • 如果当事人对行政复议机关的撤销决定不服，或者认为行政机关在重新作出行政行为时仍然存在违法或不当之处，那么当事人可以依法向人民法院提起行政诉讼。
   • 在行政诉讼中，人民法院将对行政行为的合法性进行全面审查，并作出相应的判决。这是当事人维护自身合法权益的最后一道防线。

综上所述，行政复议撤销协议后，我们需要根据撤销的具体原因来采取相应的后续措施，包括重新作出行政行为、纠正违法行为、赔偿损失以及寻求司法救济等。希望这些解答能够帮助您更好地理解和处理相关问题。