在行政协议撤销案件经审理后，若法院认定行政协议无效，其审理过程将遵循一系列严谨的法律程序和规定。以下是对此问题的详细解答：
一、审理依据
法院在确认行政协议无效时，主要依据以下法律法规：
《中华人民共和国行政诉讼法》及其司法解释：
- 第七十五条：明确规定了行政行为若存在实施主体不具有行政主体资格或者没有依据等重大且明显违法情形，原告申请确认行政行为无效的，人民法院应当判决确认无效。这是判断行政协议无效的基本法律依据。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第九十九条：进一步细化了“重大且明显违法”的情形，包括行政行为实施主体不具有行政主体资格、减损权利或增加义务的行政行为没有法律规范依据、行政行为内容客观上不可能实施等，为法院判断行政协议是否无效提供了具体标准。
- 《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第十二条：明确指出，行政协议存在行政诉讼法第七十五条规定的重大且明显违法情形的，人民法院应当确认行政协议无效，这强化了行政协议诉讼的法律适用基础。
《中华人民共和国民法典》：
- 鉴于行政协议同时具有行政性和合同性特征，法院在审理行政协议案件时，可以参照适用民法典中关于合同无效的规定。例如，民法典中关于虚假意思表示、违反法律行政法规的强制性规定、违背公序良俗及恶意串通损害他人合法权益等条款，均为判断行政协议是否无效提供了重要参考。
特定领域的行政法律法规：
- 在特定领域，如国有土地出让、政府采购等，相关的土地管理法规、政府采购法规等对行政协议的签订主体、程序、内容等有明确规定。如果行政协议违反了这些特定领域的法律法规，同样可能被认定无效。
二、审理过程
审查行政协议内容：
- 法院会首先审查行政协议的具体内容，包括签订主体、协议条款、签订程序等，以判断其是否符合法律法规的规定。
适用法律条款：
- 根据审查结果，法院会适用上述提到的相关法律法规条款，对行政协议的效力进行判断。如果行政协议存在重大且明显违法情形，或者违反了民法典中关于合同无效的规定，或者违反了特定领域的行政法律法规，法院将认定其无效。
作出判决：
- 在确认行政协议无效后，法院将根据案件具体情况，作出相应的判决。判决可能包括确认行政协议无效、撤销行政协议、责令行政机关重新作出行政行为等。
三、综合分析与应用
在具体案件中，法院会综合考虑行政协议的具体情况和相关法律规定，进行综合判断。因此，当事人在涉及行政协议纠纷时，应全面审查协议内容及相关法律法规，以确保自身权益得到有效保护。同时，如果当事人对行政协议的效力有争议，建议咨询专业律师，以便获得更准确、专业的法律意见和代理服务。
综上所述，法院在审理行政协议撤销案件并认定行政协议无效时，将依据相关法律法规进行严谨、细致的审理，以确保判决的公正性和合法性。