结论：一天上厕所两小时被开除是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、从公司规章制度的角度
公司规章制度合法性：
- 如果公司有明确的规章制度，规定员工在工作时间内上厕所的时间限制，并且该规章制度是经过民主程序制定、公示或告知员工的，那么该规章制度在法律上是有效的。
- 然而，规章制度的内容必须合理，不能违反法律法规的强制性规定，也不能侵犯员工的合法权益。例如，规定员工上厕所时间不得超过几分钟，这样的规定可能过于苛刻，缺乏合理性。
规章制度执行情况：
- 即使公司有合法的规章制度，但在执行过程中也需要遵循公平、公正的原则。如果公司仅因员工某一天上厕所时间较长就开除员工，而未考虑其他因素（如员工身体状况、当天工作情况等），则可能构成违法解除劳动合同。
二、从员工行为的角度
员工行为是否构成严重违反公司规章制度：
- 根据《劳动合同法》的规定，员工严重违反公司规章制度的，公司可以解除劳动合同。但“严重违反”需要达到一定的程度，且公司需要承担举证责任。
- 如果员工仅因一天上厕所时间较长就被开除，且该行为并未对公司造成重大损失或影响，那么公司的开除决定可能缺乏合理性。
员工是否存在其他过错：
- 如果员工除了上厕所时间较长外，还存在其他过错行为（如旷工、迟到早退、工作态度不端等），且这些过错行为构成了严重违反公司规章制度，那么公司开除员工可能是合法的。
三、从法律程序的角度
公司解除劳动合同的程序：
- 根据《劳动合同法》的规定，公司解除劳动合同需要遵循一定的程序，如提前通知员工、听取员工意见、向工会说明情况等。
- 如果公司未按照法定程序解除劳动合同，即使员工存在过错行为，公司的开除决定也可能被认定为违法。
员工维权途径：
- 如果员工认为公司的开除决定违法，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
- 在仲裁过程中，员工需要提供证据证明公司的开除决定违法，如公司规章制度不合理、解除程序违法等。
四、具体建议
对于员工：
- 如果因上厕所时间较长被开除，首先应查看公司的规章制度，了解相关规定是否合法合理。
- 如果认为公司的开除决定违法，可以收集证据（如工作记录、同事证言等）向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
对于公司：
- 在制定规章制度时，应确保内容合法合理，不侵犯员工的合法权益。
- 在解除劳动合同时，应遵循法定程序，确保解除决定的合法性。
总结：一天上厕所两小时被开除是否合法，需结合公司规章制度、员工行为以及法律程序等多方面因素进行判断。如果员工认为公司的开除决定违法，可以通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。