借调在乡镇工作的企业职工一般不能参加事业单位工作人员年度考核。以下从不同角度为你详细分析：

从考核主体与对象的角度

事业单位工作人员年度考核，其考核主体是事业单位，考核对象是该事业单位的在编工作人员。企业职工与企业之间存在劳动关系，其人事管理、考核等均由企业负责。借调只是企业职工临时到乡镇（假设这里的乡镇相关单位为事业单位性质）工作，其劳动关系并未发生转移，仍然隶属于原企业。所以，从考核主体与对象的对应关系来看，企业职工不应参加事业单位工作人员的年度考核。

从考核制度与目的的角度

事业单位工作人员年度考核制度是为了评价事业单位工作人员在一年内的工作表现、工作业绩、职业道德等方面的情况，以此作为晋升、奖惩、培训等人事管理决策的依据。该制度是针对事业单位工作人员的工作性质、岗位要求等专门设计的。而企业职工的工作性质、岗位要求、薪酬体系等与企业相关，与企业自身的考核制度相匹配。如果让借调的企业职工参加事业单位工作人员年度考核，由于考核标准、内容等与企业实际情况不符，无法准确反映企业职工的工作情况，也达不到考核的目的。

特殊情况说明

虽然一般情况下借调的企业职工不能参加事业单位工作人员年度考核，但也存在一些特殊情况。如果借调协议中有明确约定，企业职工需要参加事业单位的年度考核，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么在这种情况下，企业职工可能需要按照约定参加考核。不过，这种约定通常也是为了更好地协调借调期间的工作安排、明确各方责任等，考核结果可能主要用于借调单位对企业职工在借调期间工作表现的了解，而不一定完全按照事业单位内部的人事管理规则来运用考核结果。

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