企业内部职工根据承包协议自行支配上交定额利润后的款项，并不直接构成贪污罪，但是否构成贪污罪需根据具体情况进行详细分析。以下是从不同角度进行的详细分析：
贪污罪的基本构成要件：
- 贪污罪通常指的是国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。
- 关键在于行为人是否具有国家工作人员的身份，以及是否利用了职务上的便利进行非法占有。
企业内部职工的身份与行为性质：
- 企业内部职工，除非同时具有国家工作人员的身份（如国有企业中的管理人员），否则一般不具备贪污罪的主体资格。
- 如果职工根据承包协议自行支配上交定额利润后的款项，这通常被视为企业内部的经营管理行为，而非对公共财物的非法占有。
承包协议的法律效力与款项性质：
- 承包协议是企业内部的一种经济合同，其法律效力受合同法的保护。
- 职工根据承包协议支配的款项，在性质上属于企业内部的资金流转，而非公共财物。除非协议本身存在违法性，或者职工在支配款项时存在违法行为（如挪用资金、职务侵占等），否则不构成贪污罪。
可能构成的其他犯罪：
- 如果职工在支配款项的过程中，存在挪用资金、职务侵占等违法行为，那么可能构成相应的犯罪，而非贪污罪。
- 挪用资金罪指的是公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金归个人使用或者借贷给他人，数额较大、超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的行为。
- 职务侵占罪指的是公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。
具体案例与司法实践：
- 在实际的司法实践中，对于企业内部职工根据承包协议支配款项的行为，法院会综合考虑协议内容、款项性质、职工身份以及行为性质等多个因素，来判定是否构成犯罪以及构成何种犯罪。
- 如果职工的行为符合贪污罪的构成要件，且证据确凿，那么法院会依法判处贪污罪；如果行为更符合其他犯罪的构成要件，那么法院会依法判处相应的犯罪。
建议：
- 对于企业内部职工而言，在根据承包协议支配款项时，应严格遵守协议内容和企业内部规章制度，确保款项的合法、合规使用。
- 如果职工对款项的支配存在疑问或担忧，建议及时咨询企业法律顾问或专业律师，以避免潜在的法律风险。
- 如果职工发现企业或其他人员存在违法行为，应及时向相关部门举报，以维护企业的合法权益和市场的公平竞争秩序。
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