结论：承包人自行支配的款项是否属于贪污集体公款，不能一概而论，需要依据具体情况和相关法律规定进行判断。
分析说明：
承包经营的性质与权限：
- 在集体企业内部职工承包经营的情况下，承包人通常是在一定范围内享有经营自主权的。这种自主权可能包括对部分款项的支配权，但具体权限应依据承包合同或企业内部规定来确定。
- 如果承包合同或企业内部规定明确允许承包人在一定范围内自行支配某些款项，且这些款项的使用符合合同或规定的目的，那么承包人的行为通常不构成贪污。
贪污的定义与构成要件：
- 贪污通常指的是利用职务上的便利，非法占有公共财物的行为。其构成要件包括：主体是特殊主体（如国家工作人员或集体经济组织的工作人员）；主观方面是故意，且具有非法占有的目的；客观方面是利用职务上的便利，实施了侵吞、窃取、骗取或以其他手段非法占有公共财物的行为。
- 在承包经营的情况下，如果承包人超出其权限范围，擅自将集体公款据为己有，且主观上具有非法占有的目的，那么这种行为可能构成贪污。
具体情境下的判断：
- 如果承包人自行支配的款项是其根据承包合同或企业内部规定合法获得的，且用于了合同或规定的目的，那么这种行为是合法的，不构成贪污。
- 如果承包人擅自将集体公款用于个人消费、投资或其他非合同或规定的目的，且数额较大，那么这种行为可能构成贪污，需要依法追究刑事责任。
法律建议：
- 对于集体企业而言，应明确承包合同的条款，详细规定承包人的权限和责任，特别是关于款项支配方面的规定，以避免产生纠纷。
- 对于承包人而言，应严格遵守承包合同和企业内部规定，不得擅自超出权限范围支配集体公款，以免触犯法律。
- 如果发生争议或疑似贪污行为，应及时向相关部门报告，并寻求法律帮助以维护自身权益。
后续行动指引：
- 如果您是集体企业的管理人员或相关方，建议审查并完善承包合同，明确款项支配等关键条款。
- 如果您是承包人，且对款项支配的权限存在疑问，建议咨询企业内部法务部门或专业律师，以确保自身行为的合法性。
- 如果您发现疑似贪污行为，建议立即向企业内部监察部门或公安机关报告，并配合调查工作。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。