员工在合同期限内确诊重大疾病，赔偿问题需分情况讨论，主要涉及医疗期、病假工资、医疗补助费及劳动合同解除等情形，具体分析如下：

1. 医疗期内的权益保障
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在合同期内患重大疾病，企业需给予法定医疗期（一般为3-24个月，具体根据工龄和社保缴费年限确定）。医疗期内，企业不得随意解除劳动合同，且需按当地规定支付病假工资（通常为本人工资的60%-100%，且不低于最低工资标准的80%）。

2. 医疗期满后的处理

   • 若员工能继续工作：企业应安排原岗位或适当岗位，不得因病降低待遇。
     
   • 若员工不能从事原工作，也无法从事企业安排的其他工作：企业可提前30日以书面形式通知（或额外支付1个月工资）解除劳动合同，但需支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）及医疗补助费（通常为6-12个月工资，具体根据地方规定）。
     
   • 若企业未依法支付补偿或违法解除：员工可申请劳动仲裁，要求企业支付赔偿金（经济补偿金的2倍）及补足医疗补助费。

3. 特殊情形：医疗期内劳动合同到期
   若劳动合同在医疗期内到期，企业不得终止合同，需顺延至医疗期满或员工能工作之日。若企业违法终止，员工可要求继续履行合同或支付赔偿金。

4. 工伤保险覆盖的情形
   若重大疾病与工作相关（如职业病），则属于工伤范畴，企业需按《工伤保险条例》支付医疗费、伤残津贴、一次性工伤医疗补助金等，标准高于普通病假待遇。

建议行动：

• 员工应保留诊断证明、医疗记录等证据，及时与企业沟通医疗期及待遇问题；
  
• 企业需严格遵守医疗期规定，避免违法解除或降低待遇；
  
• 若发生争议，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

如有具体细节（如工龄、地区、疾病类型等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您详细分析。