结论前置：老板拿协议保险公司赔偿款支付和证据这一行为，对后续劳动仲裁是否有影响不能一概而论，需要分情况讨论。
- 若协议内容合法合规且已实际履行
- 对劳动仲裁的积极影响：如果老板与保险公司签订的赔偿协议是合法有效的，协议内容明确、合理，且保险公司已经按照协议约定足额支付了赔偿款，同时老板能够提供完整的证据证明赔偿款已支付给你，比如转账记录、赔偿款收据等。在这种情况下，如果后续你因工伤赔偿问题申请劳动仲裁，这些协议和证据可以证明你已经获得了相应的赔偿，劳动仲裁机构可能会据此认定你的诉求缺乏事实依据，从而驳回你的仲裁请求。例如，协议中明确约定了赔偿项目包括医疗费、伤残补助金等，且金额符合工伤保险待遇标准，保险公司也已支付，那么在仲裁时，这些协议和证据就是有力的反证。
- 潜在风险及应对：不过，也存在一些潜在风险。比如，协议中可能存在一些隐藏的条款或者老板在支付过程中存在不规范的行为，导致你实际获得的赔偿低于法定标准。如果后续你发现这种情况并申请劳动仲裁，这些协议和证据就需要仔细审查。如果协议存在欺诈、胁迫等情形，或者支付记录不完整、不真实，你可以向劳动仲裁机构提供相反的证据，如医疗费用发票、伤残鉴定报告等，以证明你应获得的赔偿金额，从而争取合理的赔偿。
- 若协议内容违法或未实际履行
- 对劳动仲裁的积极助力：如果老板与保险公司签订的赔偿协议存在违法内容，比如协议中约定的赔偿金额明显低于法定工伤保险待遇标准，或者协议排除了你的某些法定权利。或者保险公司未按照协议约定支付赔偿款，老板也无法提供有效的支付证据。在这种情况下，这些协议和证据不仅不会对你的劳动仲裁产生不利影响，反而可能成为你主张权利的有力证据。你可以在劳动仲裁中指出协议的违法性，要求按照法定标准获得赔偿。例如，协议约定只支付你部分医疗费，而根据法律规定，你应获得全额医疗费报销，那么你就可以依据法律规定和实际情况，要求补足差额。
- 证据收集与运用：为了更好地在劳动仲裁中运用这些证据，你需要收集和整理相关材料。除了协议本身和老板声称的支付证据外，你还可以收集工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论书、医疗费用票据等，以证明你的工伤情况和应获得的赔偿项目及金额。在仲裁过程中，要清晰地阐述协议存在的问题以及你应获得的合法权益，提高仲裁胜诉的几率。
综合建议：在面对老板拿协议保险公司赔偿款支付和证据的情况时，你要仔细审查协议内容和支付情况。如果对协议的合法性和支付的真实性存在疑问，建议你先与老板沟通协商，要求其提供详细的支付明细和合法有效的协议。如果协商无果，你可以在申请劳动仲裁前，咨询专业人士对相关材料进行分析评估，以便在仲裁中更好地维护自己的合法权益。如果你还有其他关于工伤劳动仲裁的问题，欢迎随时向我咨询。