结论前置：公司开具违纪单后，您仍然有权申请劳动仲裁，但具体结果需根据违纪事实、公司规章制度及证据情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 违纪单的法律性质与效力

• 违纪单的本质：公司开具的违纪单属于内部管理文件，通常用于记录员工违反规章制度的行为，并可能作为后续处罚（如警告、扣薪、解雇等）的依据。
• 法律效力：违纪单本身不直接产生法律后果，但其内容若符合法律规定（如程序合法、事实清楚、依据充分），可能成为劳动仲裁或诉讼中的证据。

2. 申请劳动仲裁的权利不受影响

• 仲裁权利：根据《劳动争议调解仲裁法》，劳动者与用人单位发生争议时，均有权申请劳动仲裁，无论公司是否已开具违纪单。
• 常见争议类型：您可能因违纪单引发的争议包括：
  • 认为违纪事实不成立（如未实际违反规定）；
  • 认为公司处罚过重（如解雇不合理）；
  • 认为公司程序违法（如未告知、未听证等）。

3. 劳动仲裁中违纪单的审查要点

• 规章制度合法性：公司需证明违纪行为对应的规章制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）、已公示或告知员工。若规章制度违法，违纪单可能无效。
• 事实认定：您需核实违纪单中记载的事实是否真实（如时间、地点、行为等）。若公司无法提供证据（如监控、证人证言），可能承担举证不能的后果。
• 程序合规性：公司处罚程序需符合法律规定（如提前告知、允许申辩、送达处罚决定等）。程序违法可能导致处罚被撤销。

4. 不同情况下的仲裁策略

• 情况一：违纪事实不成立
  • 策略：在仲裁中主张公司证据不足或事实错误，要求撤销违纪单及相应处罚。
  • 示例：若公司指控您“旷工”，但您能提供请假记录或考勤证明，可反驳该指控。
• 情况二：处罚过重
  • 策略：主张公司处罚与违纪情节不匹配（如轻微违纪却解雇），要求变更处罚或赔偿。
  • 示例：若公司因您一次迟到解雇，但规章制度规定“累计三次迟到”才构成解雇条件，可主张解雇违法。
• 情况三：程序违法
  • 策略：指出公司未履行法定程序（如未听证、未送达处罚决定），要求认定处罚无效。
  • 示例：若公司未告知您违纪事实即直接解雇，可主张程序违法。

5. 建议与注意事项

• 收集证据：保留与违纪相关的证据（如工作记录、沟通记录、证人证言等），以支持您的主张。
• 及时行动：劳动仲裁时效为1年（自知道或应当知道权利被侵害之日起计算），建议尽快申请。
• 专业协助：劳动仲裁涉及法律程序和证据规则，若案件复杂，可向我进一步咨询具体操作。

总结：公司开具违纪单不剥夺您申请劳动仲裁的权利，但需结合具体事实和法律程序判断处罚是否合法。若您对违纪单或公司处罚有异议，建议及时收集证据并申请仲裁，以维护自身权益。如有进一步问题，可直接向我咨询。