结论：病假两个月扣季度绩效还扣部分年度绩效是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同约定以及病假期间的工资支付规定等。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同约定
公司规章制度：
- 如果公司规章制度中明确规定了病假期间的绩效扣除规则，且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论通过），并向劳动者进行了公示或告知，那么该规章制度对劳动者具有约束力。
- 在此情况下，如果病假两个月确实触发了规章制度中规定的绩效扣除条件，公司扣除季度绩效和部分年度绩效可能是合法的。
劳动合同约定：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
- 如果劳动合同中明确约定了病假期间的绩效支付方式或扣除规则，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照劳动合同的约定执行。
二、病假期间的工资支付规定
法定病假工资：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关法律法规，劳动者在病假期间享有法定的病假工资待遇。
- 病假工资通常不低于当地最低工资标准的80%，具体比例可能因地区而异。
- 病假工资是劳动者在病假期间的基本生活保障，公司不得随意扣除。
绩效与病假工资的关系：
- 绩效工资通常与劳动者的工作表现、工作成果等挂钩，是劳动者额外获得的报酬。
- 在病假期间，由于劳动者未能正常提供劳动，公司可能会根据规章制度或劳动合同约定扣除部分或全部绩效工资。
- 但扣除绩效工资应合理且合法，不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害劳动者的基本生活权益。
三、合法性判断与建议
合法性判断：
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了病假期间的绩效扣除规则，且该规则合法合理，那么公司扣除季度绩效和部分年度绩效可能是合法的。
- 如果公司规章制度或劳动合同中未明确规定病假期间的绩效扣除规则，或者规定违反了法律法规的强制性规定，那么公司扣除绩效工资可能是违法的。
建议：
- 劳动者应仔细阅读公司规章制度和劳动合同，了解病假期间的工资支付和绩效扣除规定。
- 如果认为公司扣除绩效工资的行为违法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司说明扣除绩效工资的依据和理由。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
示例：假设某公司规章制度中规定，员工病假超过一个月，将扣除当月绩效工资的50%，且该规章制度已经过民主程序制定并向员工进行了公示。如果某员工病假两个月，那么公司扣除其季度绩效（假设季度绩效包含当月绩效）的50%可能是合法的。但如果公司规章制度中未规定病假期间的绩效扣除规则，或者规定扣除的比例过高（如扣除全部绩效工资），那么公司扣除绩效工资的行为可能是违法的。
进一步思考：在实际操作中，公司扣除绩效工资的行为往往涉及复杂的规章制度和劳动合同约定。因此，劳动者在遇到此类问题时，应仔细审查相关文件，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。同时，公司也应完善规章制度和劳动合同约定，确保病假期间的工资支付和绩效扣除行为合法合理。