公司要求员工签订保密协议并设定50万的赔偿金额，其合法性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、保密协议的合法性基础
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。劳动者违反竞业限制约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。
- 这表明，保密协议本身是合法的，但必须基于双方自愿、平等、公平的原则签订，且内容不得违反法律法规的强制性规定。
保密协议的内容要求：
- 保密协议应明确保密信息的范围、保密期限、保密义务及违约责任等关键条款。
- 赔偿金额的设定应合理，与可能因泄密造成的实际损失相当，不能过高或过低。
二、赔偿金额50万的合法性分析
合理性判断：
- 赔偿金额的设定应基于公司可能因员工泄密而遭受的实际损失进行合理预估。如果50万的赔偿金额远高于公司可能遭受的实际损失，那么该金额可能被视为不合理，从而在法律上受到挑战。
- 法院在审理此类案件时，会综合考虑多种因素，如公司的行业地位、泄密信息的敏感程度、泄密可能导致的经济损失范围等，来判断赔偿金额的合理性。
法律限制：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约金的数额应当与因违约所造成的损失相当，不得过分高于或低于实际损失。如果保密协议中约定的赔偿金额过高，员工可以请求法院或仲裁机构予以适当减少。
三、实际操作建议
对于公司：
- 在制定保密协议时，应确保协议内容合法、合理，赔偿金额的设定应基于实际损失进行合理预估。
- 可以考虑引入第三方评估机构对可能因泄密造成的损失进行评估，以确保赔偿金额的合理性。
- 在签订保密协议前，应向员工充分解释协议内容，确保员工在理解并同意的基础上签订协议。
对于员工：
- 在签订保密协议前，应仔细阅读协议内容，特别是关于赔偿金额的条款。
- 如果认为赔偿金额过高或不合理，可以与公司进行协商，寻求修改协议或达成其他补偿方案。
- 如果因泄密被要求支付高额赔偿，可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，公司要求员工签订保密协议并设定50万的赔偿金额，其合法性取决于协议内容的合理性、赔偿金额与实际损失的相当性以及双方签订协议时的自愿、平等、公平原则。如果协议内容合法、合理，且赔偿金额与实际损失相当，那么该协议是合法的；反之，则可能受到法律的挑战。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。