公司赔偿社保公积金并要求签订保密协议，这一行为在法律上并非绝对不合法，但其合法性需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 保密协议本身的合法性：保密协议，作为双方约定对特定信息保密的契约，本身在法律上是受到保护的。只要协议内容不违反法律法规，且双方自愿签订，那么保密协议就是合法的。

2. 社保公积金赔偿与保密协议的结合：公司因某种原因需要赔偿员工社保公积金，并在此过程中要求员工签订保密协议，这一行为并不直接违反法律。但关键在于，保密协议的内容是否合法、合理，以及是否存在胁迫、欺诈等不正当手段迫使员工签订。

3. 合法性判断的关键因素：

   • 协议内容：保密协议应明确保密信息的范围、保密期限、保密义务及违约责任等，且这些内容不得违反法律法规。
   • 签订过程：员工应是在充分了解协议内容并自愿的情况下签订保密协议，而非在受到胁迫、欺诈等不正当手段的影响下签订。
   • 赔偿与保密的关联性：公司要求签订保密协议应与社保公积金赔偿有直接关联，且该要求不得损害员工的合法权益。

4. 可能存在的法律风险：

   • 如果保密协议内容违法，如要求员工保密的信息涉及违法犯罪行为，那么该协议将无效，且公司可能面临法律责任。
   • 如果公司在签订保密协议过程中存在胁迫、欺诈等不正当手段，那么该协议同样可能无效，员工有权向相关部门投诉或提起诉讼。

综上所述，公司赔偿社保公积金并要求签订保密协议的行为，其合法性需根据保密协议的内容、签订过程以及赔偿与保密的关联性等因素来判断。如员工对此有疑问或担忧，建议咨询专业律师以获取更详细的法律意见。