结论：合同款10万，保密协议约定赔偿50万，这一约定是否合理，需结合具体情况判断，一般情况下可能被认为过高，存在被法院调整的风险。以下从多个角度进行分析：
一、保密协议赔偿金额的合理性判断原则
实际损失原则：
- 保密协议中约定的赔偿金额，原则上应与违约行为给守约方造成的实际损失相当。如果约定的赔偿金额远高于实际损失，可能被认为不合理。
- 在您的情况下，合同款为10万，而保密协议约定赔偿50万，这一比例显著偏高，除非能证明违约行为将导致守约方遭受50万的实际损失，否则可能被认为不合理。
公平原则：
- 保密协议的条款应当公平合理，不得显失公平。如果赔偿金额过高，对违约方来说可能构成不公平的负担，法院在审理时可能会根据公平原则进行调整。
可预见性原则：
- 违约方在签订保密协议时，应当能够预见到其违约行为可能给守约方造成的损失范围。如果约定的赔偿金额超出了违约方在签订合同时能够预见到的损失范围，可能被认为不合理。
二、保密协议赔偿金额过高的法律后果
法院调整：
- 如果保密协议中约定的赔偿金额过高，违约方可以在诉讼中请求法院进行调整。法院会根据实际损失、公平原则和可预见性原则等因素，综合判断并调整赔偿金额。
部分无效：
- 在极端情况下，如果保密协议中的赔偿条款被认为显失公平或违反法律法规的强制性规定，该条款可能被认定为无效。但需要注意的是，整个保密协议并不会因此无效，只是该条款无效。
三、建议
审查保密协议：
- 建议您仔细审查保密协议中的赔偿条款，评估其合理性。如果认为赔偿金额过高，可以与对方协商修改，或寻求法律途径解决。
收集证据：
- 如果发生违约行为，您需要收集证据证明实际损失的大小，以便在诉讼中主张合理的赔偿金额。
咨询专业律师：
- 保密协议涉及复杂的法律问题，建议您在签订或履行保密协议过程中，咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保护。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。
四、示例说明
假设您与对方签订了一份保密协议，约定如果违约需赔偿50万。但后来对方违约，实际上只给您造成了10万的实际损失。在这种情况下，您如果主张50万的赔偿，对方很可能会提出抗辩，认为赔偿金额过高。法院在审理时，很可能会根据实际损失原则、公平原则和可预见性原则，将赔偿金额调整为10万或略高于10万的数额。