离职保密协议中约定赔偿50万是否合法，需分情况讨论：

1. 若该赔偿条款属于竞业限制违约金：

   • 合法性判断：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条，用人单位与劳动者约定竞业限制条款时，可约定违约金。但违约金的数额需合理，且应与劳动者因违约可能给用人单位造成的损失相当。若50万违约金显著高于用人单位实际损失或劳动者收入水平，可能被认定为“过高”，法院有权根据《民法典》第五百八十五条调整至合理范围。
   • 法律依据：
     • 《劳动合同法》第二十三条：劳动者违反竞业限制约定的，应按约定支付违约金。
     • 《民法典》第五百八十五条：约定的违约金过分高于造成的损失的，法院或仲裁机构可酌情减少。
   • 建议：若您认为违约金过高，可收集证据（如用人单位实际损失、您的收入水平等），在仲裁或诉讼中主张调整。

2. 若该赔偿条款属于违反保密义务的损害赔偿：

   • 合法性判断：保密协议本身合法，但赔偿数额需以实际损失为限。若协议未明确赔偿计算方式，用人单位需证明实际损失与您的违约行为存在因果关系，且赔偿金额需合理。若50万缺乏损失依据，可能被法院驳回或调整。
   • 法律依据：
     • 《劳动合同法》第二十三条：用人单位可与劳动者约定保密事项，但未直接规定赔偿数额。
     • 《民法典》第一千一百八十四条：侵害他人财产的，损失赔偿额应相当于因侵权所造成的损失。
   • 建议：若用人单位主张赔偿，您可要求其提供损失证据（如商业秘密泄露导致的直接经济损失、维权成本等），并质疑赔偿金额的合理性。

3. 若协议未区分竞业限制与保密义务，笼统约定赔偿50万：

   • 合法性判断：需结合协议具体条款判断。若赔偿条款同时涵盖竞业限制和保密义务，且未明确区分，可能因“约定不明”被法院或仲裁机构根据实际损失、违约情节等因素综合判定赔偿金额。
   • 建议：仔细审查协议条款，明确赔偿范围（是仅针对竞业限制，还是包括保密义务）。若条款模糊，可主张按实际损失赔偿，并拒绝支付过高金额。

额外提醒：

• 竞业限制经济补偿：若协议约定竞业限制条款，用人单位需在竞业限制期内按月支付经济补偿（通常为离职前12个月平均工资的30%，且不低于当地最低工资标准）。若未支付，您有权解除竞业限制协议，并无需支付违约金。
• 实际损失举证：无论赔偿条款如何约定，用人单位均需证明实际损失与您的违约行为存在直接因果关系。若无法证明，赔偿请求可能被驳回。

行动建议：

1. 审查协议：核对保密协议中赔偿条款的具体表述，明确是竞业限制违约金还是保密义务损害赔偿。
2. 收集证据：若用人单位主张赔偿，收集其实际损失证据（如财务记录、第三方评估报告等）；若您认为违约金过高，收集收入证明、行业惯例等证据。
3. 咨询专业意见：劳动纠纷涉及复杂法律问题，建议携带协议文本及相关证据，直接向我咨询，以便更精准地评估风险并制定应对策略。