关于员工保密协议中约定100万赔偿是否合理合法的问题，需要分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法性角度
保密协议本身的合法性：
- 保密协议是用人单位与劳动者之间就保守商业秘密等事项达成的协议，其本身是合法的，受法律保护。
- 保密协议的内容应当合法、合理，不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害劳动者的合法权益。
赔偿条款的合法性：
- 保密协议中约定的赔偿条款，如果符合法律法规的规定，且双方自愿达成，那么该条款是合法的。
- 根据《劳动合同法》等相关法律法规，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项，并可以约定违约金或赔偿金。但需要注意的是，对于劳动者违反保密义务给用人单位造成的损失，赔偿金额应当以实际损失为限，且不得过分高于实际损失。
二、合理性角度
赔偿金额的合理性：
- 100万的赔偿金额是否合理，需要结合用人单位的实际损失、劳动者的过错程度、保密信息的价值以及劳动者的经济能力等多方面因素进行综合考量。
- 如果用人单位能够证明因劳动者违反保密义务而遭受了100万的实际损失，且该损失与劳动者的行为存在直接因果关系，那么约定100万的赔偿金额可能是合理的。
- 但如果用人单位无法证明实际损失，或者赔偿金额明显高于实际损失，那么该赔偿条款可能被视为不合理，甚至可能被法院或仲裁机构调整。
保密协议条款的合理性：
- 除了赔偿金额外，保密协议的其他条款也应当合理，如保密信息的范围、保密期限、保密义务的具体内容等。
- 如果保密协议中的条款过于苛刻或不合理，可能会被视为无效或可撤销。
三、实际操作建议
对于用人单位：
- 在制定保密协议时，应当确保协议内容合法、合理，明确保密信息的范围、保密期限和保密义务的具体内容。
- 在约定赔偿金额时，应当基于实际损失进行合理估算，并考虑劳动者的经济能力，避免约定过高的赔偿金额。
- 在劳动者违反保密义务时，应当及时收集证据，证明实际损失，以便在争议解决中维护自身权益。
对于劳动者：
- 在签订保密协议前，应当仔细阅读协议内容，了解保密义务的具体内容和赔偿条款。
- 如果认为保密协议中的条款不合理或过高，可以与用人单位进行协商，寻求修改或删除不合理条款。
- 在履行保密义务时，应当严格遵守协议约定，避免泄露保密信息，以免承担不必要的赔偿责任。
总结来说，员工保密协议中约定100万赔偿是否合理合法，需要结合具体情况进行综合考量。如果用人单位能够证明实际损失且赔偿金额合理，那么该条款可能是合法有效的；但如果赔偿金额明显高于实际损失或协议条款不合理，那么该条款可能被视为无效或可撤销。如果你或你所在的单位面临类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为你提供专业的法律建议。