关于公司和员工签订的保密协议中约定违约赔偿500万是否有效的问题，不能一概而论，需根据具体情况综合判断。以下是从法律角度进行的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。只要该约定是双方真实意思表示，且不存在显失公平、欺诈、胁迫等导致合同可撤销的情形，一般具有法律效力。

2. 保密协议的具体内容：

   • 若保密事项涉及重大商业秘密、技术秘密等，对企业具有极高价值，一旦泄露可能给企业造成难以估量的损失，那么约定较高的违约金以保障保密义务的切实履行是合理的。

3. 双方的履行能力：

   • 如果一方确实有能力承担500万违约金，且该约定符合商业常理和公平原则，那么该违约金条款通常会被认定合法有效。

4. 违约金的合理性：

   • 如果违约金数额明显过高，远远超出因违约可能造成的实际损失，对方当事人有权请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。因此，500万的违约金是否有效，还需考虑其是否与实际损失相符。

综上所述，公司和员工签订的保密协议中约定违约赔偿500万是否有效，需根据具体案件事实和法律规定综合认定。如果双方对违约金的数额存在争议，建议通过协商或法律途径进行解决。同时，在签订保密协议时，双方应充分考虑违约金的合理性，以确保协议的合法性和有效性。